Родился в крестьянской семье. С 1898 года был рабочим в Ярославле и Иванове-Вознесенске, где участвовал в стачке 1905 года. В 1905 году вступил в РСДРП. С 1906 года в эмиграции в Германии, США; был одним из организаторов Федерации русских социалистов Социалистической партии Америки.
В апреле 1917 года вернулся в Россию, работал в Московском областном бюро РСДРП(б). Участник октябрьских боев в Москве за Советскую власть, затем член исполкома Моссовета, председатель Московского ревтрибунала, член коллегии Московского ЧК, член ВЦИК. Во время наступления войск генерала Юденича под Петроградом (весна 1919 года) командовал отрядом московских коммунистов.
В ноябре 1919 года был назначен военным комиссаром 15-й Инзенской стрелковой дивизии на Южном фронте. Погиб в бою в июле 1920 года под посёлком Гохгейм.
Похоронен 13 июля 1920 года на Красной площади у Кремлёвской стены.
Именем М. П. Янышева в 1920 году была названа Триумфальная площадь, но переименование не было утверждено. С 1957 по 1996 год его имя носил Крестовоздвиженский переулок. В г. Ейск, Краснодарского края, имя Янышева носити одна из улиц.