Михаил Ситников также является членом Совета директоров российского отделения Международной ассоциации религиозной свободы и членом рабочей группы по свободе совести Комитета действия Всероссийского гражданского конгресса.
Называет себя «убеждённым противником тоталитарного принципа государственного устройства», «сторонником культурной интеграции России в христианскую цивилизацию на основе политической и религиозной толерантности». Считает «губительным для России любое ориентирование на идеологию державничества — от коммунистической до православной». Утверждает, что «исправно придерживается принципа „не могу молчать“». Проживает в России.
Михаил Ситников подвергается критике со стороны российских общественных правозащитных организаций и православных антикультистов, которые называют его позицию «просектантской».
На состоявшейся 2 июля 2009 года в зале заседаний Учёного совета Российского государственного гуманитарного университета (РГГУ) научно-практической конференции «Актуальные проблемы реализации принципов свободы совести в современной России», Михаил Ситников сделал доклад на тему «отражение свободы совести в средствах массовой информации». Он отметил: «Достаточно часто оказывается, что упоминание о свободе совести в СМИ — это одно, а реальное состояние свободы совести и связанные с ним проблемы — совершенно другое. Да и о том, что такое свобода совести — представления в массе у нас достаточно приблизительные». Далее М. Ситников высказал мнение, что в российском обществе уже давно укоренилось не соответствующее реалиям представление о том, что СМИ — это «четвёртая власть», венчающая пирамиду из законодательной, исполнительной и судебной властей. «Наши СМИ нельзя назвать даже объективным глашатаем всех трех властных ветвей. Разве, что рупором, посредством которого общается с населением одна единственная де-факто авторитарная исполнительная власть, которая определяет деятельность остальных двух — законодательной и судебной. Первая — законодательная, — как известно, смотрит из Охотного ряда в рот Кремлю, а вторая — судебная, — зачастую вершит „правосудие“ руководствуясь собственными убеждениями судей, которые не отрывают от уха трубки телефона. Поэтому, о том, какую позицию занимают раскрученные государственные СМИ, догадаться нетрудно — сервильную».
М. Ситников заявил, что «если гарантии свободы совести в обществе реализуются, то в сознании людей фиксируется состояние самоуважения, соединенного с ответственностью — то есть, возникает такой феномен, как зрелое правосознание». Он сделал вывод, что «реальное следование в стране принципам свободы совести и вероисповедания впрямую укрепляет целостность общества и государства, стимулирует общественный потенциал к высокой социальной (созидательной) активности. Однако одновременно с тем факт соблюдения в стране принципов свободы совести проводит четкую грань между интересами связки общество-государство и интересами номенклатурной власти, которые заключаются в сохранении ее „номенклатурности“. Поэтому, вопрос о том, почему в нашей стране принцип свободы совести и вероисповедания действует так же избирательно, как закон, отпадает».
В завершение своего доклада М. Ситников заявил, что «ответственность за ситуацию, при которой большинство отечественных СМИ обслуживает интересы коррумпированных структур, обладающих административными полномочиями, <…> лежит не на каких-то абстрактных обстоятельствах, а на отвечающих за эти СМИ людях».
В статье под названием «Об этом обязаны знать верующие христиане», М. Ситников затронул проблему христиан нетрадиционной сексуальной ориентации в современной России. Он пишет: «Наверное, только ожесточение ума и сердца, ставшее сегодня общепринятой нормой, не позволяет нам увидеть до смешного очевидные вещи. Потому что, речь идет о людях — молодых, законопослушных, учащихся или уже овладев профессией, как правило, усердно трудящихся на благо общества, которые наряду с цветом глаз и волос, врожденными способностями и национальностью получили от рождения не общепринятую психофизиологическую склонность. Причем, склонность, проявление которой возможно лишь в интимной, личной жизни, неприкосновенность которой, в свою очередь, охраняется законом. Но как должен называться тогда остракизм, которому подвергаются эти люди за свою генетическую особенность?»
На состоявшейся 27 февраля 2006 года встрече членов Союза Правых сил (СПС), представителей общественных организаций и журналистов, организованной Либерально Дискуссионным клубом «Правое Дело», Михаил Ситников отметил, что проблема клерикализации власти назревала давно и не является неожиданной. Несмотря на то, что признаки союза определённых религиозных структур с государственными ведомствами наблюдаются уже долгое время, мало кто думает о возможных последствиях такого рода альянса. С точки зрения свободы совести, без реального осуществления принципов которой не может существовать демократическое общество, клерикализацию можно считать абсолютным её антиподом. По мнению Ситникова, в восприятии большинства россиян между религией и религиозными организациями проводится полное тождество, в то время, как это далеко не так. Самая крупная российская религиозная организация — Русская православная церковь Московского патриархата, заявляет об исключительном праве представлять в стране православное христианство и опирается на нравственную религиозную доктрину. Однако, при этом она остаётся вполне земной организацией, обладает всеми присущими такой организации свойствами, одним из которых является стремление к увеличению собственного влияния и приумножению материальной базы. Поэтому, отметил Ситников, говоря о клерикализации власти, следует иметь в виду, что «речь идёт об альянсе вполне земных интересов и союзе вполне земных структур».
В марте 2007 года Михаил Ситников принял участие в презентации специализированного информационно-аналитического доклада «Свобода убеждений, совести и религии в современной России». Презентация доклада состоялась в московском независимом пресс-центре. Доклад был подготовлен М. Ситниковым и другими правозащитниками в рамках программы «Противодействие религиозной ксенофобии, нетерпимости и дискриминации в российских регионах», осуществляемой Московской Хельсинкской группой.
М. Ситников заострил внимание на том, что нельзя сосредоточиваться на соблюдении прав отдельно взятой узкой группы людей, так как это делает всё общество бесправным. По его мнению, проблема состоит в том, что само понятие свободы совести воспринимается неполным. Никто не знает, что такое свобода совести и не придаёт этому значения. Ситников заметил: «Это ведь не только право, но ещё и состояние человека, уровень культуры, грамотности, образования. Если у человека нет ощущения свободы совести, то у него нет и собственного достоинства. А если есть достоинство, то и общество будет правовым. Правовым будет тогда и государство».
Доклад был выпущен отдельной книгой в виде научной монографии, посвящённой исследованию состояния свободы убеждений, совести и религии в современной России. В книге «рассматриваются конституционные гарантии свободы совести и судебная практика, современное законодательство и тенденции государственно-религиозных отношений в науке и образовании, политике и законотворчестве, которые оказывают непосредственное влияние на реализацию прав и свобод человека в этой сфере».
В 2006 году, в форуме Всероссийского гражданского конгресса Михаил Ситников заявил: «..Убийства тех журналистов, благодаря которым, хотя и в заметно усечённом виде, но пока ещё существует гласность, это очень характерный симптом. Потому что, если говорить о тех, кто мог быть заинтересован в их устранении, следует иметь в виду прежде всего власть. Если же обратить внимание на моменты, когда заказчики решаются на подобное, то это почти всегда канун очередной властной провокации, ведущей к очередной же катастрофе. Сомнений в том, что Анна не могла пройти мимо происходящего сегодня между Россией и Грузией нет. Как нет сомнений, что будучи информированным и опытным журналистом, она имела что сказать и по этому поводу..»
Председатель Синодального отдела по взаимодействию Церкви и общества Московского Патриархата протоиерей Всеволод Чаплин: