В конце марта 1945 года в соответствии с планом штурма Кёнигсберга получил назначение на должность коменданта Кёнигсберга. 7 апреля 1945 года была сформирована комендатура и Смирнов стал первым советским руководителем города. 10 мая 1945 года при комендатуре Кёнигсберга создаётся Временное управление по гражданским делам. Во главе управления поставлен заместитель коменданта Кенигсберга по гражданскому управлению полковник Михаил Максимович Залётов. Он же был и заместителем начальника временного управления по гражданским делам. Деятельностью управления руководили также помощники военного коменданта Кенигсберга по хозяйственной части полковник Энштейн (в мае) и подполковник Андрей Георгиевич Антонов (с 26 мая 1945 года).
В первые же дни руководства главным вопросом стало наведение порядка на улицах города: тушение пожаров, расчистка улиц и завалов, учёт местного немецкого населения и обеспечение его питанием. Необходимо было наладить подачу воды и электроэнергии.
В июне 1945 года последовал приказ о сдаче дел и должности генерал-майором М. В. Смирновым и о вступлении в должность коменданта города Героя Советского Союза генерал-майора М. А. Пронина.
В фондах Курского областного краеведческого музея хранятся некоторые личные вещи и документы (карты, схемы боёв, фотографии) М. В. Смирнова