Митридат — по отцу происходил из персидского рода, а по матери из греко-македонского, являясь прямым потомком Селевка, сподвижника Александра Великого (Македонского). Энергичный и способный человек, впитавший в себя греческое воспитание и культуру, обладавший громадной физической силой. Он не имел систематического образования, но знал 22 языка, из которых персидский и греческий были ему родными, был знаком с лучшими представителями эллинистической культуры своего времени, написал ряд сочинений по естественной истории и считался покровителем наук и искусства. Однако наряду с этим он отличался суеверием, коварством и жестокостью. Это был типичный азиатский деспот.
Он не смог сразу наследовать законно принадлежавший ему отцовский престол, поскольку из-за козней матери и опекунов ему пришлось скрываться, опасаясь за собственную жизнь. Именно это во многом предопределили твёрдость и решительность характера и воинственность Митридата VI Евпатора.
Но уже сейчас кажется возможным, оценивая в совокупности все условия деятельности Митридата, признать его выдающимся правителем своего времени. Прежде всего потому, что таковым его считали современники и ближайшие последующие поколения античной эпохи. Достаточно привести оценку римского историка I в. н. э. Веллея Патеркула, которого никак не заподозришь в привязанности к понтийскому владыке: «Митридат, царь Понта, муж, о котором нельзя ни умолчать, ни говорить с пренебрежением, в войне полный решимости, выделяющийся воинской доблестью иногда великий своей удачливостью, но всегда — храбростью, замыслами был вождь, в битвах воин, по ненависти к римлянам — второй Ганнибал» (Vel., Pat., II, 18). .
В 113 году до н. э. Митридат возвращается в Понт и утверждает свою власть над страной, безжалостно расправившись с противниками из числа знати. Своё царствование он начинает с создания сильной армии, во главе которой подчиняет соседнюю Колхиду, и превращает ее в понтийскую сатрапию; вслед за тем он захватывает Малую Армению , Херсонес Таврический (которому обеспечивает защиту от Скифского царства) и часть скифских оседлых племён в Таврии. Тогда же заключаются союзы со свободными племенами скифов, бастарнами и фракийцами.
Боспорский царь, последний представитель династии Спартокидов, отказывается от власти в пользу Митридата. После подавления восстания рабов и бедноты под руководством Савмака, которому удается удерживать власть в течение года, понтийские войска, совершив поход в Северное Причерноморье, окончательно присоединяют Боспор к Понту. Таким образом, объединив под своей властью основные причерноморские государства, Митридат получает в свое распоряжение значительные ресурсы для дальнейших войн, и в первую очередь — с Римом. Боспорское царство и греческие полисы поставляют ему деньги, хлеб, рыбу и прочее продовольствие. «Варварские» народы, проживавшие к северу и востоку, регулярно пополняют понтийскую армию наемной конницей.
Митридат мечтал о создании мощного государства, способного стать преемником эллинистических династий. Своё влияние на восточных границах Рима он утверждал не только силой оружия, но и дипломатическими методами. Так, он выдал свою дочь за армянского царя Тиграна и мог надеяться в случае надобности на войска зятя.
Однако на пути Боспорского царства Митридат видел грозное препятствие — римскую экспансию на Восток. Митридат VI Евпатор решил утвердить своё господствующее положение не только в Малой Азии, но и на сопредельных с ней территориях, прежде всего в Греции.
Решение этой задачи он начал с создания мощных вооружённых сил Боспорского царства — армии и флота. Митридат Евпатор сумел собрать огромную для того времени армию. Армия была наёмной, и царская казна располагала большими на то средствами благодаря стабильно собираемым налогам в понтийском государстве. Согласно древним источникам, военный флот Митридата насчитывал до 400 боевых кораблей.
Создание такой армады оказалось возможным потому, что среди его подданных было достаточное количество моряков торговых судов и рыбаков (рыба, в соленом и вяленом виде, была одной из главных статей экспорта страны). Большое количество кораблей позволяло перевозить на южное черноморское побережье многотысячные войска и вести войну против сильного римского флота.
Весной 88 года до н. э. Митридат вторгся в римскую Азию и без труда захватил ее. Завоевание римских провинций Вифинии и Каппадокии сопровождалось страшной резней римлян и италиков (жителей Апеннинского полуострова, не являвшихся гражданами Вечного города). Коренное население приветствовало приход на их земли Митридата, выступавшего в роли освободителя Малой Азии от римского господства. Владычество Вечного города тяжёлым бременем лежало на завоеванных Римом народах, и они постоянно восставали против него.
Понтийцы двинулись через Македонию в Грецию. В Риме забили тревогу, и было собрано большое войско под командованием консула Суллы для отражения вторжения армии Митридата. Однако вспыхнувшая в Вечном городе междоусобная борьба отсрочила поход римского войска на восток, в Грецию.
После поражения от Гнея Помпея, Митридат вернулся в Пантикапей, чтобы собраться с силами и организовать новое войско. Но восстало войско, и возникла угроза пленения. Пытаясь избежать пленения, Император принял яд, но яд не подействовал, так как с детства он у себя вырабатывал иммунитет к ядам. Император попросил своего телохранителя и друга галла убить себя мечом. (XVI, § 111)
Несмотря на то, что умер он в Пантикапее, его именем назвали другой крымский город — Евпатория.