Канонизирован как святитель, память совершается в составе Собора Сибирских святых 10 июля по юлианскому календарю.
Родился в 1650 году в Малороссии в семье князя Богуслава Рафаловича Лещинского и принцессы Анны фон Дёнхоф. Воспитание и образование получил в Киево-Могилянской академии. По окончании обучения вступил в брак и несколько лет служил приходским священником, но, овдовев, поступил в Киево-Печерскую Лавру, где постригся в монашество. «За редкое благочестие особую опытность и распорядительность в делах» через некоторое время был избран экономом Лавры. Впоследствии был возведен на пост наместника Брянско-Свенского монастыря со званием — по одним сведениям архимандрита, а по другим строителя, при этом от обязанностей эконома Лавры освобождён не был.
Во исполнение указа царя Петра I от 18 июня 1700 года о назначении митрополита Тобольского, 4 января 1702 года был посвящён в Великом Новгороде в митрополиты Сибирского и всея Руси и направлен в Сибирь вместе с несколькими учёными монахами.
Тобольская епархия на тот момент простиралась с запада на восток от Уральских гор до Тихого океана и с севера на юг от Северного Ледовитого Океана до Киргизских степей и Даурии (земли, подчиненные китайскому императору). Таким образом, протяженность вверенной Филофею епархии составляла порядка 10 000 верст в длину и 3 000 в ширину (отдельная епархия для Восточной Сибири была учреждена лишь в год смерти Лещинского). Все функции управления он, за исключением краткого периода с 1707 по 1714 годы, осуществлял лично без помощников (в силу их отсутствия).
В 1703 году Лещинский добился от Петра I разрешения на открытие в Тобольске первой в Сибири славянско-русской приходской школы (на тот момент подобные школы существовали только в Киеве, Москве, Чернигове и Ростове).
Уже к 1704 году Филофей Лещинский расширил Софийский собор в Тобольске, а в самом соборе создал резной иконостас на испрошенную у Петра I тысячу рублей. В том же году Лещинский основал первый церковный хор из сосланных в Сибирь казаков.
С 1705 года Лещинский начал распространение православия в Сибири — под начальством архимандрита Мартина им была направлена первая миссия на Камчатку, однако это начинание не было успешным в силу враждебности населения к завоевателям-казакам. В 1706 году по указу царя Лещинский направил миссионеров для крещения остяцких племен, однако и в этом случае особых успехов не было.
С 1711 по 1715 годы, приняв схиму, Филофей, будучи на седьмом десятке, лично занимался миссионерской деятельностью среди племён епархии, последовательно уничтожая предметы языческих культов и проповедуя православие, в чём весьма преуспел.
В 1715 году в связи со смертью Иоанна Тобольского на Лещинского царским указом вновь были возложены обязанности по управлению епархией. Повинуясь воле царя, в 1717 году Филофей вернулся в Тобольск, однако не отошёл от миссионерских дел и лично крестил несколько остяцких племен.
Филофей управлял епархией вплоть до 1720 года, когда был нехотя отпущен Петром I на пенсию. С этого момента и до конца жизни Лещинский продолжал проповедовать православие.
Филофей Лещинский скончался 31 мая 1727 года в тюменском Троицком монастыре, где и был похоронен напротив входа в собор, «дабы, как гласит завещание, мимоходящие попирали прах ногами». Позднее над его могилой было устроено мраморное надгробие и помещён его портрет.
За 25-летний период пребывания Филофея Лещинского митрополитом Тобольским количество церквей в Сибири возросло со 160 до 448, в строительстве 37 из них он принимал личное участие.
Лещинский восстановил (построил) в камне уничтоженный пожаром Свято-Троицкий монастырь в Тюмени (первый каменный монастырь в Сибири), для чего испросил у Петра I специальное разрешение, так как в тот момент строительство каменных сооружений в Россий за пределами Санкт Петербурга было строжайше запрещено царским указом под страхом конфискации и каторги.
Стараниями Лещинского православной церкви были выделены значительные земли в Сибири для улучшения ее экономического положения и сняты многие бюрократические препоны, мешавшие свободному передвижению духовенства при проездах по Сибири.