Родился в мещанской семье, отец был владельцем артели петербургских ломовых извозчиков. В семье было пятеро детей, в том числе Николай (будущий профессор теоретической механики в технологическом институте Петербурга), Леонид (будущий архимандрит Лев), Вера, Василий. Родители рано умерли, дети воспитывались у дяди, который был заведующим Александро-Невским рынком.
В 1911 году окончил Санкт-Петербургское Петровское коммерческое училище с званием кандидата коммерческих наук. Отказался от выгодных карьерных предложений, желая принять монашество. Поехал в Оптину пустынь к старцу иеросхимонаху Анатолию, а затем посетил известного протоиерея Егора Коссова. Эти встречи утвердили его в стремлении стать монахом и священника.
В 1912 году поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию. В 1914—1915 годах, прервав обучение, служил на фронте братом милосердия, заболел туберкулезом легких и после лечения вернулся в академию. 4 декабря 1915 пострижен в монахи и 6 декабря рукоположен во иеромонаха. В 1917 окончил Петроградскую духовную академию, кандидат богословия.
Получив священный сан, отец Гурий развил очень энергичную пастырскую деятельность. Ему было поручено священнослужение (по воскресеньям и праздничным дням) в женском монастыре, находящемся в Лужском уезде, близ ст. Плюсса, сравнительно недалеко от Петрограда. Ко времени посвящения о. Гурия уже имел священный сан его брат Леонид, также постригшийся в монахи с именем Лев. К двум отцам — Льву и Гурию — присоединился иеромонах Иннокентий (Тихонов), получивший архиерейский сан. Братья Егоровы (так скоро стали называть в народе отцов Льва и Гурия) развили вместе с о. Иннокентием интенсивную миссионерскую деятельность.
Они «пошли в народ», то есть обратились преимущественно к рабочим и к самому бедному, деклассированному и злоупотребляющему алкоголем люду. Местом их деятельности стал теперешний Литовский проспект. Там братья сняли комнату и проводили в ней беседы для народа — рассказывали те или иные события из Священной истории, сопровождая это показом диапозитивов, вели беседы о жизни, преимущественно выступая против алкоголизма. Отец Иннокентий любил разъяснять богослужение. Естественно, что к этому дому примкнули активисты, которые стали называть себя «Братством святого Александра Невского», в котором, впрочем, не было организационных форм. Каждый близкий к деятельности «братьев Егоровых» мог назвать себя членом этого братства.
После окончания академии был принят в братию Александро-Невской Лавры. С 1922 — архимандрит; настоятель Крестовой митрополичьей церкви.
1 июня 1922 года был арестован. 4 января 1923 года осужден к трем годам ссылки в Туркмению. Вернувшись в Ленинград, отец Гурий был назначен настоятелем киновии Александро-Невской Лавры, расположенной на правом берегу Невы (1925—1926 годы). В 1926—1928 гг. — настоятель церкви Киевского подворья. Вокруг него, его брата Льва и о. Варлаама (Сацердотского) снова группировались верующие из Александро-Невского братства. Арестован 27 мая 1927 года (по делу богословско-пастырского училища), а затем 24 декабря 1928 года. Приговорен 22 июля 1929 года к заключению в лагерь сроком на 5 лет. Отбывал свой срок на строительстве Беломорканала, вначале был лесорубом, затем, как человек, знающий бухгалтерию, был переведен в контору, работал бухгалтером и кассиром.
После освобождения жил у родственников в Ташкенте и Фергане. Служил литургию в домашних условиях по благословению митрополита Арсения (Стадницкого). Вокруг него создалась небольшая община, в которую входил, в частности, будущий митрополит Иоанн (Вендланд), которого архимандрит Гурий постриг в монашество. С 1944 служил открыто. В 1944 стал настоятелем Покровского собора Самарканда, исполнял обязанности секретаря епархиального управления.
С 1945 года — почетный настоятель Ильинской церкви в Загорске (ныне вновь Сергиев Посад). В этот период написал работу «Патриарх Сергий как богослов», позднее опубликованную в книге «Патриарх Сергий и его духовное наследство». М., 1947. В 1945—1946 годах — наместник вновь открытой Троице-Сергиевой Лавры. На этом посту активно восстанавливал монашеские традиции.
25 августа 1946 хиротонисан в московском Богоявленском соборе во епископа Ташкентского и Средне-Азиатского; с 25 февраля 1952 — архиепископ. В период его архиерейства в епархии служили многие выдающиеся священники — Иоанн (Вендланд), будущий епископ Стефан (Никитин), протоиерей (затем архимандрит) Борис (Холчев) и др.
Участвовал в Совещании глав и представителей православных церквей в связи с празднованием 500-летия автокефалии Русской православной церкви, где выступил с содокладом на тему «Отношение Православной церкви к англиканской иерархии». Был противником экуменизма и западного влияния на Русскую церковь.
С 26 января 1953 — архиепископ Саратовский и Сталинградский; с 31 мая 1954 года — Черниговский и Нежинский, с 19 октября 1955 года — Днепропетровский и Запорожский. С 21 мая 1959 года — митрополит Минский и Белорусский; с 19 сентября 1960 — Ленинградский и Ладожский. В этот период был уже серьезно болен, не мог противостоять антицерковной кампании власти, инициированной Н. С. Хрущевым. Попросил перевести его в более спокойную епархию.
С 14 ноября 1961 — митрополит Симферопольский и Крымский. Одновременно управлял Днепропетровской епархией. Несмотря на болезнь, часто совершал богослужения. Скончался в Симферополе, погребен на городском Всехсвятском кладбище.
Скончался 12 июля 1965 года; погребён 15 июля: богослужение возглавил митрополит Иоанн (Кухтин) (бывший Пражский).