Уроженец Старой Руссы.
Был архимандритом новгородского Спасского Хутынского монастыря.
Когда Новгород был взять шведами под начальством Делагарди, Киприан ездил, по поручению митрополита Исидора и князя Ивана Никитича Одоевского в Швецию просить, согласно договору, королевича Филиппа «на Ноугородцкое царство». Там его подвергли пыткам, желая «выведать государственные тайны о России», и продержали в заключении до 1613 года.
Приехавши в Москву в 1614 году, объяснил царю причины своего посольства в Швецию, просил помощи верному Новгороду.
8 сентября 1620 года был хиротонисан во епископа Сибирского и Тобольского с возведением в сан архиепископа, став первым предстоятелем Тобольской епархии (1621—1624). Неусыпно заботился о прекращении беспорядков и безнравственности как среди духовенства, так и среди русских поселенцев, об обращении в православие местных язычников, об устройстве церквей и монастырей и об улучшении быта казаков. Первое время воеводы не только не поддерживали его, но даже противодействовали ему.
Киприан многих инородцев крестил, устроил церкви, монастыри: Никольский мужской в Туринске (1622), и в Таре — мужской во имя Нерукотворенного образа Спаса (1624), и девичий во имя св. Параскевы и Екатерины.
4 июня 1621 года исходатайствовал он нескольким монастырям царское жалование, земли, рыбные ловли.
Заботясь о развитии земледелия, Киприан основал две слободы — Устьницынскую и Тавдинскую (1622).
Положил начало Сибирской летописи, записав рассказы живых сподвижников Ермака.
15 февраля 1624 года уехал в Москву.
12 декабря 1625 года (по другим источникам, 14 ноября 1624 года) стал митрополитом Крутицким.
В 1626 году составил канон и стихиры в честь Ризы Господней.
26 октября 1626 года (по другим источникам, в 1627) был переведён в Новгород.
Скончался 17 декабря 1635 года будучи митрополитом Новгородским. Погребён в Корсунской паперти Софийского собора в Новгороде.
По словам Миллера, Киприан был первым автором записок о Сибири.
Считается одним из вероятных составителей «Сказания о Словене и Русе и городе Словенске».