Родился около 1482 года в Москве в семье благочестивых родителей. При крещении он был наречён во имя Архистратига Михаила. Известно, что отца его звали Леонтий. Отец Михаила, очевидно, вскоре после рождения сына скончался. Мать его приняла впоследствии монашеский постриг с именем Евфросиния.
Решив избрать для себя монашеский путь, поступает послушником в Рождества Богородицы Пафнутиево-Боровский монастырь. При постриге был назван в честь знаменитого православного аскета-пустынника преподобного Макария Египетского.
В 1506 году стал игуменом Лужецкого Богородицкого монастыря в Можайске. В 1526 году Макарий был рукоположен во архиепископа Новгородского и Псковского. Святитель предпринял создание свода «всех чтимых книг на Руси» — Великих Четьих-Миней, которые вошли в историю под названием Макариевских. Немало усилий свт. Макарий приложил по организации на Руси книгопечатного дела. При нем была открыта в Москве первая типография для печатания священных и богослужебных книг.
Возведён на митрополичий престол 19 марта 1542 года боярской группировкой князей Шуйских, которая тогда правила при малолетнем Иоанне Грозном. В этом сане Макарий сменил низложенного Шуйскими митрополита Иоасафа. Однако вскоре он, как и прежде Иоасаф, стал выступать против Шуйских. Обладая большим могуществом и влиянием, он способствовал отстранению Шуйских от власти, которое произошло в декабре 1543 год. После этого Макарий оказывал большое влияние на политику Иоанна Грозного, входя в так называемую «Избранную Раду». Он венчал Иоанна Грозного на царство (1547 год), способствовал его браку с Анастасией Захарьиной. Составил знаменитые «Великие четьи-минеи», осуществил канонизацию многих русских святых (см. Макарьевские соборы).
При нём, в 1551 году, состоялся знаменитый Стоглавый Поместный Собор Русской православной церкви. Сочувствуя иосифлянам, доминировавшим на Стоглавом Соборе он не допустил пройти закону о секуляризации монастырских земель, продвигаемому протопопом Сильвестром. После уничтожения Избранной Рады (1560 год) Макарий, единственный из её членов, не был подвергнут преследованиям и умер своей смертью в 1563 году.
Канонизирован в лике святителей на Поместном соборе Русской православной церкви в 1988 году.