Закончил Киевское реальное училище, Киевскую духовную семинарию и Киевскую духовную академию в 1887 году со степенью кандидата богословия.
19 июня 1887 года принял постриг с именем Михаил, рукоположен во иеродиакона, а 29 июня 1887 во иеромонаха.
Служил преподавателем Киевской духовной семинарии, инспектором Орловской духовной семинарии, в 1891 года возведён в сан архимандрита и назначен инспектором Санкт-Петербургской духовной академии.
В 1893 году назначен ректором сначала Могилёвской, затем Волынской духовной семинарии.
31 января 1899 году хиротонисан во епископа Новгород-Северского, викария Черниговской епархии. Хиротонию совершали: митрополит Киевский и Галицкий Иоанникий, митрополит СПБ и Ладожский Антоний, митрополит Московский и Коломенский Владимир, архиепископ Новгородский и Старорусский Феогност, архиепископ Тверской и Кашинский Димитрий, епископ Гурий, епископ Орловский и Севский Никанор, епископ Таврический и Симферопольский Николай, и епископ Саратовский и Царицынский Иоанн.
С 20 октября 1899 года — епископ Ковенский, викарий Литовской епархии.
С 6 сентября 1903 — епископ Омский и Семипалатинский.
9 декабря 1905 года назначен епископом Гродненским и Брестским, с освобождением от непосредственного управления Покровским общежительным монастырем Омской епархии. Здесь он организовал в Белостоке викариатство.
Был избран почётным председателем Гродненского Софийского Православного Братства.
Летом 1911 совместно с архиепископом Антонием (Храповицким), епископм Вениамином (Казанским), протопресвитером Шавельским и архимандритом Алексием, настоятелем Феодоровского Городецкого монастыря, совершили чин закладки Феодоровского Собора в память 300-летия Дома Романовых в Петербурге на углу Тверского пер. и ул. Полтавской.
6 мая 1912 года возведён в сан архиепископа.
В 1915 году перед занятием немецкими войсками Гродно вынужден был переехать в Москву.
Участник предсоборного совещания, обсуждавшего проект положения о порядке избрания патриарха. Участник Священного Собора 1917-1918 годов в Москве.
В июле 1921 года назначен Священным Синодом и Высшим Церковным Советом Патриаршим Экзархом Украины. На экзарха советская власть оказывала сильное давление с требованием с требованием присоединиться к «Живой церкви» а также подписать воззвание к верующим и духовенству о безоговорочной выдаче всех церковных ценностей. По воспоминаниями бывшего юрисконсульта Киево-Печерской Лавры И. Н. Никодимова сам экзарх описывал своё положение так: «Вымогают от меня признания „Живой церкви“, угрожают в противном случае арестом. Когда же я решительно отверг их требования, то они довольно цинично признали, что я, быть может, поступил правильно, так как всё равно и „Живую церковь“ они в конце концов ликвидируют».
5 февраля 1923 года был арестован и через некоторое время переведён в Москву в Бутырскую тюрьму.
Постановлением Комиссии НКВД по административным высылкам от 13 июля 1923 года митрополит Михаил был приговорён к высылке в Туркестан на два года.
Из-за многочисленных протестов верующих был освобождён и возвращен на кафедру экзарха Украины.
В августе 1925 года он был снова арестован и до июня 1926 жил в Москве без права выезда, а затем был отправлен в ссылку в Прикумск Терской области, где находился до сентября 1927 года. Митрополитом Сергием (Страгородским) назначен митрополитом Киевским (ни Патриарх Тихон, ни Патриарший Местоблюститель митрополит Петр (Полянский) Киевскую кафедру не замещали, поскольку в 1918 году на нее был избран митрополит Антоний (Храповицкий), с 1920 года находившийся в эмиграции).
После возвращения из ссылки получил разрешение жить в Харькове.
Умер 30 марта 1929 года и похоронен в Киеве.