Родился 5 октября 1948 в селе Галина Воля Старовыжевского района Волынской области в крестьянской семье. Родителя будущего митрополита умерли, когда он был в младенческом возрасте, ребёнка воспитывала бабушка, глубоко верующая, а после её смерти — тётка.
В 1963 году окончил восьмилетнюю школу. В течение 1963—1967 годов работал в колхозе, с 1967 по 1969 год служил в Советской армии в Новгороде Великом. В 1969—1970 годах работал в железнодорожном депо города Бреста.
С 1970 по 1974 год учился в Московской духовной семинарии. Во время учёбы в семинарии был иподиаконом у патриарха Московского и всея Руси Пимена. Духовником студента был Иоанн (Маслов). 20 марта 1974 года принял монашеский постриг с именем Нифонт в честь святого Нифонта, епископа Новгородского, чудотворца Киево-Печерского. В 1974 году принял сан иеродиакона. В том же году был зачислен в Московскую духовную академию, которую закончил в 1979 году.
В 1977 году был рукоположен в сан иеромонаха и направлен служить в Волынскую епархию. 18 марта 1977 года назначен настоятелем Троицкого храма в селе Рудка Козинская Волынской области.
В 1988 году возведён в сан архимандрита, а в 1989 назначен благочинным Ржищевского округа Владимир-Волынской епархии.
В 1990 году из Винницкой епархии была выделена Хмельницкая. 31 марта 1990 состоялась епископская хиротония архимандрита Нифонта во епископа Хмельницкого и Каменец-Подольского. За два года служения владыка освятил более двухсот храмов.
25 августа 1992 года Нифонт был переведён на Волынскую кафедру. В это время все храмы Луцка, кроме Свято-Покровской церкви были заняты сторонниками «Киевского патриархата», захвачены кафедральный Свято-Троицкий собор, епархиальное управление и помещения Волынской духовной семинарии. Несмотря на нападения членов «Руха» и сторонников Киевского патриархата на Свято-Покровскую церковь и на Волынскую семинарию, владыке удалось обеспечить обучение студентов; к 2005 году в Луцке действовали уже 18 общин УПЦ, к 2006 году митрополит Нифонт рукоположил более трёхсот священнослужителей. Полтора года после назначения Нифонта в Луцк местные власти отказывали владыке в прописке в том городе, называя епископа Нифонта, коренного волынянина, «московским попом».
28 июля 1993 года возведён в сан архиепископа.
С 11 апреля 2000 года — митрополит Луцкий и Волынский.
Митрополит Нифонт высказывался против полного отделения УПЦ (МП) от Русской православной церкви, поскольку по его мнению, идея автокефалии дискредитирована церковным расколом и может привезти к новому расколу.
Владыка Нифонт преподаёт студентам Волынской духовной семинарии сектоведение.