Родился 2 мая 1872 года в семье священника Орловской епархии.
Окончил Орловскую духовную семинарию. В 1893—1897 годах обучался в Киевской духовной академии.
Во время обучения в Киевской духовной академии 3 апреля 1897 года пострижен в монашество, 10 апреля рукоположен во иеродиакона, а 15 августа — во иеромонаха.
В 1897 году окончил академию со степенью кандидата богословия и 3 октября назначен преподавателем гомилетики Тульской духовной семинарии.
В марте 1900 году назначен инспектором Кутаисской духовной семинарии.
11 января 1901 году переведён на должность инспектора Тифлисской духовной семинарии. С 21 января 1902 года — ректор Тифлисской духовной семинарии в сане архимандрита.
Указом от 19 мая 1905 года определен быть епископом Бакинским, но 2 июня того же года последовал иной указ о бытии ему епископом Кинешемским. 10 июля 1905 года хиротонисан во епископа Кинешемского, викария Костромской епархии.
С 15 февраля 1908 года — епископ Нарвский, викарий Санкт-Петербургской епархии. С 26 мая 1910 года в течение трёх с половиной месяцев во время отпуска митрополита Антония управлял Санкт-Петербургской епархией и заведывал Александро-Невскою Лаврой и Исидоровским епархиальным женским училищем.
С 20 марта 1914 года — епископ Вятский и Слободской.
Участник Поместного Собора 1917—1918 годов в Москве. На Соборе был председателем издательского отдела; избран заместителем члена Св. Синода.
1 ноября 1918 года был арестован в Москве и заключен в Бутырскую тюрьму без предъявления обвинения.
7 апреля 1919 года возведен в сан архиепископа.
23 апреля 1919 года был приговорен к трем года заключения в концлагере, отправлен в Архангельский лагерь. 9 сентября 1920 года был досрочно освобождён из концлагеря. Вернулся в Москву.
20 октября 1920 года был арестован на своей московской квартире, заключен сначала в тюремном подотделе МЧК (Кисельный пер., 8, камера 9), затем в Бутырской тюрьме.
В июле 1921 года освобождён под подписку о невыезде из Москвы.
В 1921 году стал членом Священного Синода и назначен архиепископом Астраханским. К месту назначения не выехал из-за подписки о невыезде.
В январе 1922 года назначен архиепископом Крутицким, помощником Святейшего Патриарха Тихона. При вступлении в должность архиепископ Никандр собрал для представления и знакомства московских благочинных, причём дал каждому из них поручение доставить для него сведения о состоянии вверенного им благочиния.
22 марта 1922 года — арестован и заключен в Бутырскую тюрьму в связи с делом «об изъятии церковных ценностей». 23 января 1923 — освобождён под подписку о невыезде из Москвы.
20 марта 1923 года — арестован, привлечён к суду вместе с Патриархом, митрополитом Арсением (Стадницким), секретарём патриарха Петром Гурьевым.
28 марта 1924 года — приговорён к 3 годам ссылки в Среднюю Азию. Сослан в Чимбай (Каракалпакия), затем в Хиву. Освобождён в 1925 году.
В ноябре 1925 года возведён в сaн митрополита и направлен на Одесскую кафедру.
Осенью 1927 года перемещен митрополитом Ташкентским и Туркестанским, в связи с назначением в Одессу митрополита Ленинградского Иосифа (Петровых).
30 сентября 1931 года включен в число постоянных членов Временного патриаршего Священного Синода.
Скончался 18 февраля 1933 года в Ташкенте. Имел очень болезненный и дряхлый вид, несмотря на то, что ему всего 60 лет.