Сведений о жизни и деятельности митрополита Никифора II почти не сохранилось. Известно, что по происхождению он грек.
Прибыл в Россию в 1182 году. Первые сведения о его деятельности датируются 1183 годом: 29 июля или 5 августа этого года Никифор совершил постриг в монашество новоизбранного настоятеля киевского Печерского монастыря священника Василия.
В 1195 году предотвратил кровопролитие при возникшей распре между киевским князем Рюриком и великим князем суздальским Всеволодом мудрым наставлением и советом.
Управлял Киевской митрополией до своей кончины в 1198 году.