Прославлен в лике Новомучеников и Исповедников Российских Архиерейским Собором 1997 года.
Родился 28 июня 1862 года в селе Сторожевое Коротоякского уезда Воронежской епархии в семье приходского священника.
Учился Воронежской Духовной семинарии, которое окончил в 1885 году по первому разряду. Был определён на должность псаломщика при храме села Девицы в Коротоякском уезде.
В 1887 году Пётр стал вольнослушателем, а после сдачи экзаменов — студентом Московской духовной академии, которую окончил в 1892 году со степенью кандидата богословия, полученной за работу «Объяснение первого послания св. Апостола Павла к Тимофею». В студенческие годы он, по воспоминаниям его сокурсника митрополита Евлогия, отличался благодушием, покладистостью, доброжелательностью. Со времён учёбы в академии был дружен с будущим патриархом Сергием (Страгородским). Магистр богословия (1897 год, тема диссертации: «Первое послание св. Апостола Павла к Тимофею. Опыт историко-экзегетического исследования»).
С 1892 года — помощник инспектора Московскую духовную академию, преподавал Закон Божий в частном женском училище Сергиева Посада, был секретарём Общества спасения на водах.
В 1895 году был церковным старостой у себя на родине, в селе Сторожевом Воронежской епархии. За особое усердие в благоукрашении приходского храма Богоявления он был удостоен архипастырской признательности.
В 1896 году в течение недолгого времени преподавал греческий язык в Звенигородском духовном училище.
В декабре 1896 года был назначен смотрителем Жировицкого духовного училища. Привёл училище, по отзыву ревизора Нечаева, в блестящее состояние. Участвовал в первой всероссийской переписи населения, исполнял обязанности члена-соревнователя Попечительства о народной трезвости, почётного мирового судьи Слонимского округа. За время службы был награждён орденами св. Станислава 3-й и 2-й степеней. В этот период познакомился с епископом Тихоном (Беллавиным), будущим патриархом.
С 1906 года — младший помощник правителя дел Учебного Комитета при Святейшем Синоде в Санкт-Петербурге; впоследствии стал членом Учебного Комитета (сверхштатным, затем постоянно присутствующим), исполняя главным образом обязанности ревизора духовных учебных заведений. За время служения в Учебном Комитете обследовал состояние духовных семинарий, епархиальных женских училищ в Курской, Новгородской, Вологодской, Костромской, Минской и в ряде других епархий, побывал в Сибири, на Урале, в Закавказье. После каждой такой поездки им собственноручно составлялся подробный, обстоятельный отчет, в котором предлагались уместные меры по улучшению состояния обследованной школы. С 1916 года — действительный статский советник. Был награждён орденом св. Владимира.
В 1918 году, после закрытия Учебного комитета, состоял в секретариате Поместного собора. Переехал в Москву.
Работал главным бухгалтером в кооперативной артели «Богатырь». Жил в Москве, в доме своего брата, священника церкви Николы-на-Столпах Василия Полянского.
Патриарх Тихон предложил ему принять постриг, священство и епископство и стать его помощником в делах церковного управления в условиях репрессий большевиков против церкви. Предложение принял, сказав при этом своим родственникам: «Я не могу отказаться. Если я откажусь, то я буду предателем Церкви, но когда соглашусь, — я знаю, я подпишу сам себе смертный приговор». Был пострижен в монашество митрополитом Сергием (Страгородским). 8 октября 1920 года хиротонисан (патриархом Тихоном) и другими архиереями во епископа Подольского, викария Московской епархии. Сразу после хиротонии был арестован и сослан в Великий Устюг. Там он жил вначале у знакомого священника, потом в сторожке при городском соборе. В ссылке он имел возможность совершать Божественную литургию в сослужении великоустюжского духовенства.
Возвратившись в Москву, он стал ближайшим помощником патриарха, был возведён в сан архиепископа (1923 год) потом митрополита (1924 год) Крутицкого и включён в состав Временного Патриаршего Синода. На совещании епископов, состоявшемся в Свято-Даниловом монастыре в конце сентября 1923 года высказывался против компромисса с обновленцами.
25 декабря 1924 (7 января 1925) патриарх Тихон составил завещательно распоряжение («завещание»), в котором говорилось:
В случае нашей кончины наши Патриаршие права и обязанности, до законного выбора нового Патриарха, представляем временно Высокопреосв. Митрополиту Кириллу. В случае невозможности по каким-либо обстоятельствам вступить ему в отправление означенных прав и обязанностей, таковые переходят к Высокопреосв. Митрополиту Агафангелу. Если же и сему Митрополиту не представится возможность осуществить это, то наши Патриаршие права и обязанности переходят к Высокопреосвященнейшему Петру Митрополиту Крутицкому.
Патриарх Тихон скончался 25 марта (7 апреля) 1925 года. Поскольку митрополиты Кирилл и Агафангел тогда находились в ссылке, местоблюстительские обязанности по кончине патриарха Тихона немедленно взял на себя митрополит Петр; 9 апреля он направил председателю ВЦИК М. И. Калинину следующую записку:
Вступая в управление Православной Русской Церковью долгом почитаю, как гражданин СССР, препроводить Вам прилагаемую при сем копию акта от 7 января 1925 г., собственноручно написанного почившим первоиерархом Русской Православной Церкви Патриархом Тихоном, коим на случай его кончины Патриаршие права и обязанности переданы мне как Местоблюстителю Патриаршего места. Патриарший Местоблюститель Петр, митрополит Крутицкий.
В день погребения патриарха Тихона, 12 апреля (н. ст.) 1925 года, состоялось совещание собравшихся на его отпевание архипастырей; ознакомившись с текстом «Завещания», епископы постановили подчиниться воле почившего первосвятителя: поскольку митрополиты Кирилл и Агафангел находились в ссылке, обязанности патриаршего местоблюстителя возложены были на митрополита Крутицкого Петра, о чём было составлено заключение. В тот же день митрополит Петр, как патриарший местоблюститель, обратился к Церкви с посланием, включавшим в себя как текст «Завещания» покойного патриарха, так и заключение о его подлинности, подписанное присутствовавшими на его оглашении архипастырями:
<…> учитывая 1) — то обстоятельство, что почивший ПАТРИАРХ при данных условиях не имел иного пути для сохранения в Российской Церкви преемства власти и 2) что ни Митроп. Кирилл, ни Митроп. Агафангел, не находящиеся теперь в Москве, не могут принять на себя возлагаемых на них вышеприведенным документом обязанностей, мы, Архипастыри, признаем, что Высокопреосв. Митрополит Петр не может уклониться от данного ему послушания и во исполнение воли почившего ПАТРИАРХА должен вступить в обязанности Патриаршего Местоблюстителя.
Акт был подписан 58-ю епископами Российской Церкви.
В качестве местоблюстителя помогал многим заключенным и сосланным. Получая после службы пожертвованные деньги, обычно сразу отдавал их для пересылки в тюрьмы, лагеря и места ссылки. Он дал благословение приходским причтам жертвовать в пользу заключенных священнослужителей. Часто совершал Божественную литургию в московских приходских и монастырских церквах, в том числе в Свято-Даниловом монастыре.
Решительно выступил против любых договорённостей с обновленцами, которые в 1925 году провели свой 2-й собор, на который пригласили представителей «староцерковников». Обратился к архипастырям, пастырям и всем чадам церкви с посланием, в котором говорилось:
Должно твердо помнить, что по каноническим правилам Вселенской Церкви все <…> самочинно устраиваемые собрания, как и бывшее в 1923 году живоцерковное собрание, незаконны. Поэтому на них присутствовать православным христианам, а тем более выбирать от себя представителей на предстоящие собрания канонические правила воспрещают.
В результате абсолютное большинство клириков и паствы митрополита Петра отказались от компромисса с обновленцами. Представители обновленчества обвиняли его в сношениях с церковной и политической эмиграцией (в том числе в признании, совместно с патриархом Тихоном, великого князя Кирилла Владимировича «прямым и законным наследником престола»), в контрреволюционных настроениях и антиправительственной деятельности.
Отказался пойти на условия карательных органов (ГПУ), на которых те обещали нормализовать юридическое положение Церкви. Условия включали в себя издание послания, призывающего духовенство и верующих к лояльности относительно советской власти, устранение неугодных власти архиереев, осуждение заграничных епископов и контакт в деятельности с правительством в лице представителя ГПУ.
В ноябре — декабре 1925 года были арестованы епископы, принадлежащие к числу сторонников митрополита Петра. В начале декабря, зная о предстоящем аресте, писал:
Меня ожидают труды, суд людской, но не всегда милостивый. Не боюсь труда — его я любил и люблю, не страшусь и суда человеческого — неблагосклонность его испытали не в пример лучшие и достойнейшие личности. Опасаюсь одного: ошибок, опущений и невольных несправедливостей, — вот что пугает меня. Ответственность своего долга глубоко сознаю. Это потребно в каждом деле, но в нашем — пастырском — особенно.
9 декабря 1925 года по постановлению Комиссии по проведению Декрета об отделении Церкви от государства при ЦК ВКП(б) был арестован. По распоряжению местоблюстителя исполнение его обязанностей перешло к митрополиту Нижегородскому Сергию (Страгородскому) в ранге заместителя местоблюстителя. Позднее, не имея достоверной информации о происходивших событиях, делал противоречивые распоряжения о церковном управлении. При этом отказался поддержать инспирированную властями инициативу нескольких епископов о коллегиальном управлении церковью (так называемое «григорианство», григорьевский раскол — по имени его лидера, архиепископа Григория (Яцковского)), запретил в священнослужении его активных деятелей.
Во время следствия содержался во внутренней тюрьме на Лубянке, а также в Суздальском политизоляторе. На допросе 18 декабря 1925 года заявил, что церковь не может одобрить революцию:
Социальная революция строится на крови и братоубийстве, чего Церковь признать не может. Лишь война ещё может быть благословлена Церковью, поскольку в ней защищается отечество от иноплеменников и православная вера.
5 ноября 1926 года был приговорен к 3 годам ссылки. В декабре этапирован через пересыльные тюрьмы в Тобольск, в феврале 1927 года доставлен в село Абалак, где содержался в контролируемом обновленцами Абалакском монастыре. В начале апреля вновь арестован и доставлен в Тобольскую тюрьму. По постановлению ВЦИК выслан за Полярный круг, на берег Обской губы в поселок Хэ где был лишён медицинской помощи. 11 мая 1928 года постановлением Особого совещания ОГПУ срок ссылки был продлён на 2 года.
Негативно относился к компромиссам с большевиками, на которые пошёл митрополит Сергий. В декабре 1929 года направил ему письмо, в котором, в частности, говорилось:
Мне сообщают о тяжелых обстоятельствах, складывающихся для Церкви в связи с переходом границ доверенной Вам церковной власти. Очень скорблю, что Вы не потрудились посвятить меня в свои планы по управлению Церковью.
17 августа 1930 года вновь арестован. Содержался в тюрьмах Тобольска и Екатеринбурга. Отказался от снятия с себя звания патриаршего местоблюстителя, несмотря на угрозы продлить тюремное заключение.
В ноябре 1930 года против него было возбуждено уголовное дело по обвинению в том, что, находясь в ссылке, он «вёл среди окружающего населения пораженческую агитацию, говоря о близкой войне и падении сов. власти и необходимости борьбы с последней, а также пытался использовать Церковь для постановки борьбы с сов. властью». Виновным себя не признал. Находился в одиночном заключении без права передач и свиданий. В 1931 года отклонил предложение чекиста Тучкова дать подписку о сотрудничестве с органами в качестве осведомителя. После беседы с Тучковым был частично парализован, также был болен цингой и астмой. 23 июля 1931 года Особым совещанием ОГПУ приговорен к 5 годам лишения свободы в концлагере, однако был оставлен в тюрьме во внутреннем изоляторе. Верующие при этом пребывали в уверенности, что он продолжает жить в заполярной ссылке.
Тяжело страдал от болезней, просил оправить его в концлагерь:
Я постоянно стою перед угрозой более страшной, чем смерть. Меня особенно убивает лишение свежего воздуха, мне ещё ни разу не приходилось быть на прогулке днем; не видя третий год солнца, я потерял ощущение его. … Болезни все сильнее и сильнее углубляются и приближают к могиле. Откровенно говоря, смерти я не страшусь, только не хотелось бы умирать в тюрьме, где не могу принять последнего напутствия и где свидетелями смерти будут одни стены.
В июле 1933 года ему были запрещены прогулки в общем дворе (даже ночью) — они были заменены на прогулке в маленьком сыром дворике, где воздух был наполнен испарениями отхожих мест. Несмотря на это, продолжал отказываться от сложения своих полномочий.
Был в качестве «секретного узника» (вместо имени он фигурировал под номером 114) переведён в Верхнеуральскую тюрьму. В июле 1936 года его заключение было в очередной раз продлено на 3 года.
В конце 1936 года в патриархию поступили ложные сведения о смерти патриаршего местоблюстителя, вследствие чего 27 декабря 1936 года митрополит Сергий принял на себя титул патриаршего местоблюстителя. По митрополиту Петру была отслужена панихида.
В 1937 году против него было возбуждено новое уголовное дело по следующему обвинению:
Отбывая заключение в Верхнеуральской тюрьме, проявляет себя непримиримым врагом Советского государства, клевещет на существующий государственный строй …, обвиняя в «гонении на Церковь», «ее деятелей». Клеветнически обвиняет органы НКВД в пристрастном к нему отношении, в результате чего якобы явилось его заключение, так как он не принял к исполнению требование НКВД отказаться от сана Местоблюстителя Патриаршего престола.
2 октября 1937 года тройкой НКВД по Челябинской области приговорён к расстрелу. 10 октября в 4 часа дня был расстрелян — по разным версиям в тюрьме НКВД в Магнитогорске или на станции Куйбас. Место погребения остаётся неизвестным.
В 1997 году Архиерейским собором Русской православной церкви причислен к лику святых как новомученик. В 2003 году в городе Магнитогорске Челябинской области на дороге к Вознесенскому храму в его память был воздвигнут крест.