Родился в 1677 году в польском местечке Заборове, находящемся вблизи города Львова. Отец его был польский шляхтич; первоначальное образование Михаил Заборовский получил в польских школах, а по смерти отца, когда мать переехала в Киев, он поступил в Киевскую Духовную Академию, а затем перешёл в Московскую Заиконоспасскую, где, ещё учась, принял монашество с именем Рафаил. По окончании полного курса он был назначен в ту же Заиконоспасскую Академию учителем риторики, затем служил некоторое время иеромонахом во флоте, а в 1723 году назначен архимандритом Троицкого Калязинского монастыря и асессором Святейшего Синода.
15-го августа 1725 года Рафаил Заборовский хиротонисан был во епископа Псковского и Нарвского, а 23-го августа того же 1725 года назначен Советником Святейшего Синода, каковую должность они занимал до 15-го июля 1726 г. Во Пскове епископ Рафаил открыл школу, чуть ли не первую в городе. 13-го апреля 1731 он был назначен архиепископом Киевским, Галицким и всея Малыя России.
В Киеве Рафаил прежде всего обратил внимание на Духовную Академию в Братском монастыре, которая находилась в очень печальном положении. В ответном письме Рафаилу Феофана Прокоповича (1736 г.) читаем: «писал ко мне преосвященство ваше, через господина Величковского, что училищный у вас монастырь Братский пришел в крайнюю скудость, и таковую, что и к повседневному пропитанию не имеют довольства учители и прочии братия, и не могло бы уже место оное в состоянии пребыть, есть ли бы особливым святыни вашей призрением снабдеваемо не было». Рафаил Заборовский устраивает сбор в пользу Академии, жертвует свои 1640 руб. и в очень короткое время строит новые здания для Академии и для общежития воспитанников и церковь в честь Покрова Пресвятыя Богородицы, которая и была освящена 1-го ноября 1740 г. Он помогал нуждающимся воспитанникам Духовной Академии, посылал некоторых окончивших курс Академии на свой счет за границу для продолжения образования, заботился о более успешном преподавании в Академии и о привлечении более лучших учителей. Благодаря ему, в Киевской Академии в 1738 году были открыты кафедры языков: греческого, немецкого и еврейского.
Киевская Духовная Академия, как пишет митрополит Евгений, «прославилась многими вышедшими из нея знаменитыми учеными людьми, отличившимися во всех состояниях, и в его время она из благодарности называла себя Киево-Могило-Заборовскою». 16-го июня 1743 года, по докладу Св. Синода, Императрица Елизавета Петровна указала быть в Киеве митрополии, а архиепископу Рафаилу именоваться митрополитом Киевским и Галицким.
Рафаил написал много поучений, но они не были изданы. Его инструкция Академии издана в книге В. И. Аскоченского: «Киев и его академия» (2-ая часть, 102—108 стр.); переписка его с Маркевичем напечатана в «Обзоре Гамалеевского монастыря». По словам митр. Евгения, Рафаил Заборовский напечатал в Москве в 1735 году два поучения.
Рафаил скончался в Киеве 22-го октября 1747 г. и погребен 30-го ноября, то есть в сороковой день его кончины. При погребении надгробную речь говорил Георгий Конисский: