Окончил Могилевскую духовную Семинарию. В 1900 г. окончил Санкт-Петербургскую Духовную Академию со званием кандидата богословия и Санкт-Петербургский Археологический институт со званием действительного члена. 30 ноября 1901 г. рукоположен в священники к Стрельницкой Преображенской церкви. 1 сентября 1902 г. назначен законоучителем рукодельной школы. 19 марта 1904 г. назначен священником Стрельницкой придворной церкви. 26 февраля 1915 г. назначен смотрителем Сапожковского духовного училища. В этом же году состоялся его постриг в монашество и возведение в сан архимандрита. 12 марта 1919 г. хиротонисан во епископа Михайловского, викария Рязанской епархии. В хиротонии принимали участие Святейший Патриарх Московский Тихон (Белавин), митрополит Антоний (Храповицкий), Сергий (Страгородский) и др.
С мая 1919 года епископ Муромский, викарий Владимирской епархии. В период управления церковной жизнью в Муроме епископу Серафиму выпало стать свидетелем надругания над св. мощами, закрытия Благовещенского и Троицкого монастырей, а после издания 10/23 февраля 1922 г. «Декрета ВЦИК об изъятии церковных ценностей на нужды голодающих» еще и массового святотатства. Его сопротивление изъятию церковных сосудов привело к его аресту и заключению. В автобиографических заметках епископа Ковровского Афанасия (Сахарова) «Датах и этапах моей жизни» указано, что, кроме епископа Муромского Серафима (Руженцева), во Владимирской тюрьме в июле 1922 г. с епископом Афанасием находился московский протоиерей Миртов (скорее всего прот. Михаил Миртов).
30 апреля/13 мая 1922 г. было обнародовано т. н. «Воззвание (Декларация)» группы обновленцев, что дало толчок к расколу епископата и священства в Русской Православной Церкви. 3/16 июня 1922 г. ВЦУ обновленцев признает митрополит Владимирский и Шуйский Сергий (Страгородский), архиепископ Нижгородский и Арзамасский Евдоким, архиепископ Костромской Серафим, а в октябре 1922 г., после освобождения из под стражи, епископ Серафим (Руженцев), следуя за авторитетнейшими архиереями, примыкает к обновленческому расколу. Не смотря на покаяние митрополита Сергия (Страгородского)за участие в ВЦУ, распространенного 14/28 августа 1923 г., епископ Серафим (Руженцев) не покидает раскола, но возведенный в сан архиепископа и назначается ВЦУ управляющим Владимирской епархией. С октября 1922 года обновленческий архиепископ Владимирским. С октября 1924 г. митрополит Московский. С ноября 1924 по октябрь 1925 г. митрополит Северо-Кавказский, член Пленума Святейщего Синода в 1925 г. 7 декабря 1924 г. присутствовал на акте Московской Богословской Академии в первую годовщину ее основания. Подписался под обращением к Константинопольскому Патриарху Григорию VII. Присутствовал на III-м Всероссийском Соборе с решающим голосом. С мая по июль 1926 г. временно управляющий Саратовской епархией, член Святейшего Синода и заведующий административным отделом. В 1927 г. в ознаменование трудов в качестве члена Президиума Святейщего Синода и заведующего Адмистративным Отделом предоставлено право служения с предношением Креста. 1933—1934 гг. митрополит Ленинградский, Председатель Ленинградского ОМЦУ. 5 сентября 1934 г. «за бездеятельность» освобожден от управления Ленинградской митрополией. Уволен на покой без пенсии по докладу архиепископа Николая (Платонова), его викария, за отказ участвовать в хиротонии во епископа женатого священника и за отказ вести проповедь против РПЦ — «тихоновцев». Скончался 19 февраля (3 марта н. ст.) 1935 г. в Ленинграде без покаяния. Похоронен на Смоленском кладбище Ленинграда.
Руженцев С. С. Материальное положение духовенства. (кандидатская диссертация)(Кат. № 605)