Родился 29 апреля 1940 в Костерманвиле (ныне Букаву), в Бельгийском Конго (ныне — Демократическая Республика Конго) в греческой семье кипрских беженцев.
Обучался на медицинском факультете в католическом Университете в Лувене (Бельгия) откуда перевёлся на обучение в Свято-Сергиевский православный богословский институт в Париже (Франция), одновременно слушая лекции в Сорбонне.
Получив степень магистра в Сергиевском институте и диплом Сорбонны, он 6 января 1963 года был рукоположен во диакона, а 17 ноября 1968 года — в священника для служения в греческой православной епархии во Франции.
В 1972 году возведён в сан протосинкелла, став ближайшим помощником правящего архиерея по управлению южным регионом Франции с проживанием Ницце.
25 марта 1987 года был хиротонисан в титулярного епископа Назианзинского, викария греческой Галльской митрополии во Франции. Являлся секретарём Ассамблеи православных епископов Франции, лектором Свято-Сергиевского православного богословского института и профессором кафедры патрологии в католической семинарии в Нице.
13 марта 1999 года назначен управляющим Эстонской апостольской православной церковью в юрисдикции Константинопольского Патриархата. Интронизация состоялась 21 марта 1999 года с усвоением титула — «митрополит Таллина и всей Эстонии».
«С каждым днём становится всё более понятно, что для православия эстонский вопрос — это не вопрос противостояния двух властолюбивых патриархатов, или, как утверждала одна парижская газета в уничижительной статье, результат сепаратистского неповиновения, которое по природе своей «национально-религиозно, возникло на приграничных территориях в Балтийских странах при потворстве местных властей». Эстонский вопрос — это прежде всего дело совести, дело всеправославной совести, острый вопрос, показывающий как мы понимаем Евангелие».
Митрополит Стефан явился инициатором публикации книги «Несчастье быть маленькой церковью в маленькой стране» (Таллин, 2007 ISBN 978-9949-15-711-2; ISSN 1736-6720), вызвавшей возмущение иерархов Московского Патриархата.
Накануне визита в Москву (20 января 2005 года) президента Эстонии Арнольда Рюйтеля обвинил Московский Патриархат в создании напряженности между православными в Эстонии. По его словам: «внешне все выглядит так, будто между нами все вопросы решены, но на самом деле они вовсе не решены. На нашу Церковь оказывается страшное давление, и не только на уровне Эстонии, но и на международном уровне».. Высказывание Стефана связано с тем, что при содействии главы эстонского государства Московскому Патриархату удалось добиться законной регистрации Эстонской Православной Церковью Московского Патриархата на территории Эстонии.
6 сентября 2010 года после визита в Эстонию Председателя Отдела внешних церковных связей митрополита Волоколамского Илариона (Алфеева), в пресс-сообщении Эстонской автономной православной церкви отмечалось, что «митрополит Стефанос удивлен демонстрацией высокомерного отношения» митрополита Илариона к автономной Православной Церкви Эстонии. Митрополит Иларион, по мнению митрополита Стефаноса «не продемонстрировал понимания истории и народа Эстонии».