Родился 22 июля 1747 года в Александровской слободе Владимирской губернии в семье священника.
11 марта 1759 года поступил в Троицкую лаврскую духовную семинарию, где получил фамилию Александровский.
23 сентября 1770 года по окончании духовной семинарии оставлен в ней учителем одного из младших классов.
8 февраля 1771 года пострижен в монашество.
В январе 1772 года назначен проповедником Московской духовной академии.
С 10 марта 1775 года — игумен Крестовоздвиженского монастыря в Москве.
27 января 1776 года перемещен игуменом Московского Знаменского монастыря.
С 17 февраля 1779 года — архимандрит Московского Богоявленского монастыря.
С 1785 года был цензором духовных книг при Московской синодальной типографии. Все это время он продолжал преподавать в Московской духовной академии.
11 июня 1788 года хиротонисан во епископа Дмитровского, викария Московской епархии, с оставлением архимандритом Московского Богоявленского монастыря.
16 октября 1799 года император Павел I назначил владыку Серапиона на вновь учреждённую Калужскую кафедру.
21 октября 1799 года возведён в сан архиепископа с новым назначением в Казань, не успев побывать в Калуге.
Состоял вице-президентом Российского Библейского общества в Казани и в Казанском учебном округе.
В Казани прослужил четыре года, но почти не оставил по себе памяти у духовенства и прихожан. Его имя не упоминается в сочинениях по истории казанских духовных школ, храмов и монастырей. При нем не было заметных событий, ничего неизвестно о каких-либо инициативах архиепископа Серапиона. Из его дневника следует, что архиепископ Серапион почти безвыездно жил в загородном архиерейском доме на Кабане, лишь изредка выезжал для богослужений в кафедральный Благовещенский собор.
С 11 декабря 1803 года — митрополит Киевский и Галицкий и член Святейшего Синода.
В Киеве митрополит Серапион вёл себя совершенно иначе, чем в Казани, он оказался властным и весьма активным архиереем, действовавшим при этом совершенно в духе идей и намерений светской власти.
В 1814 году избран в почётные члены Санкт-Петербургской духовной академии.
24 января 1822 года по прошению был уволен на покой.
Скончался 14 сентября 1824 года. Погребен в Киевском Софийском соборе.
Митрополит Серапион вел интересный дневник. В «Трудах Киевской духовной академии за 1882 год» (октябрь, ноябрь) помещён дневник его за время управления Киевской митрополией.