Оттон II — старший сын маркграфа Оттона I и его супруги, дочери польского герцога из рода Пястов Юдиты Польской. Приходится внуком Альбрехту Медведю, основателю Бранденбургской марки.
Вслед за своим отцом Оттон II для обеспечения стабильности марки и внутренней колонизации воевал со славянами и датским королём Кнутом VI. Зимой 1198—1199 годов он разгромил занятое датчанами герцогство Померания и подкрепил свои территориальные претензии в следующем году военным походом до Рюгена и снял угрозу с Гамбурга. В 1200 и 1203 годах он оказал поддержку штауфенскому королю Филиппу Швабскому в конфликте против Вельфа Оттона IV.
После смерти Оттона II во главе Бранденбурга встал его младший брат Альбрехт II Бранденбургский.