Ойген Шоберт родился в Вольфсбурге в Королевстве Бавария, части Германской империи.. Сын майора Карла Шоберта и Анны Шоберт (урождённой Михайли). Шоберт вступил в Королевскую армию Баварии в июле 1902 г. Начал службу в 1-ом баварском пехотном полку «Кёниг» (нем."K?nig"). Прошел летное обучение в 1911 г.
По ходу Первой мировой войны Шоберт служил на Западном фронте пехотным офицером. В ходе операции «Михаэль» в 1918 году он руководил 3-им батальоном 1-го баварского пехотного полка. За свои действия 23 марта 1918 года, когда он лично (причем успешно) провел свой батальон на пересечение канала вблизи Жуси против жесткого британского сопротивления, он был награжден Рыцарским крестом военного ордена Максимилиана Иосифа. Это была высшая честь для баварца, достоинство, сопоставимое с прусским Pour le M?rite. Также ему, человеку незнатного происхождения, было присвоено дворянское звание. Поэтому Ойген Шоберт получил имя Ойген Риттер фон Шоберт.
После Первой мировой войны Шоберт остается в рядах рейхсвера, а затем и вермахта, неуклонно поднимаясь по служебной лестнице. Он был инспектором пехоты в период с декабря 1933 по сентябрь 1934 года, а затем командовал 17-й и 33-й пехотными дивизиями. Получил командование VII армейским корпусом 4 февраля 1938 года.
В сентябре 1939 года Риттер фон Шоберт руководил своим VII армейским корпусом, находившимся во время Польской кампании в качестве резерва Группы армии «Юг».
В мае-июне 1940 года его корпус, в составе 16-ой армии Эрнста Буша (Группа армий «A»), участвует во вторжении в Бельгию, Люксембург и Францию. За блестящее руководство корпусом при прорыве линии Мажино и захвате городов Нанси и Туль он был награжден Рыцарским крестом Железного креста. Фон Шоберт оставался на своей должности в ходе подготовки ко вторжению в Великобританию.
В сентябре 1940 года Шоберт принял командование 11-ой армией. Армия вошла в состав группы армий «Юг» по плану операции Барбаросса, захвату СССР. Во время боевых действий в южной части Советского Союза (на юге Украины), под городом Николаевом в районе Широкой Балки, Ойген Риттер фон Шоберт и его пилот погибли, когда их самолет наблюдения Fieseler Fi.156 Storch сел на советское минное поле.
Шоберт женился на Алисе Ридер-Хольвицер в 1921 году. У них было 3 детей: 2 сына и дочь. Младший сын, пилот-истребитель Люфтваффе, погиб в бою в 1944 году.