Пол МакДжиллион родился в Пейсли, Шотландия. Его семья переехала в Канаду, когда ему было всего 2 года. Когда Полу было 11, его семья переехала назад в Шотландию на три года, пока его отец работал на Шотландских нефтяных платформах. Пол шестой из семи детей и несмотря на популярное мнение, не говорит с шотландским акцентом .
Он учился в Ванкуверской актёрской школе в 1998-1999 гг. В 2004 году МакДжиллион был взят на роль в телесериале Звёздные врата: Атлантида. Первоначально он был взят на второстепенную роль, но персонаж в первом сезоне настолько понравился, что стал основным во втором и третьем сезонах, а также в конце четвёртого-пятом, где играл клона погибшего Беккета. МакДжиллион также играет роль молодого Эрнеста Литтлфилда в Звёздных вратах SG-1 в серии «Муки Тантала», первого тау'ри, прошедшего через Звёздные врата после их захоронения.
Он выразил большую заинтересованность в прослушивании на роль Монтгомери Скотта в одиннадцатом фильме Звёздный путь. MакДжиллион также одобряет Криса Духана, сына первого актёра, игрвшего Скотта Джеймса Духана, чтобы играть роль Скотти в фильме. Хотя в конечном итоге взяли Саймона Пегга, MакДжиллион еще снялся в фильме в другой роли.