Настоящее имя Пётр Повенский (Piotr Pow?ski). В 1552—1555 году учился в краковской академии, затем в Вене и Риме, где в 1564 году вступил в орден иезуитов. По возвращении (1571) занимался проповедничеством, учреждением благотворительных заведений и новых иезуитский коллегий в Полоцке, Риге, Дерпте.
В 1573—1584 годах жил в Вильне. В 1574—1579 годах возглавлял виленскую иезуитскую коллегию. В 1579—1584 годах был первым ректором виленской Академии и университета (Almae Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu), из которой впоследствии вырос Вильнюсский университет.
С 1588 года был придворным проповедником короля Сигизмунда III Ваза, который ценил его за выдающийся дар красноречия. Стал сторонником ограничения власти Сейма и расширения властных полномочий короля. В речах и текстах клеймил пороки шляхты. Выступал против принятия Сигизмундом III короны Швеции.
Полагая, что религиозный союз устранит обособленность и враждебность между православными и католиками, создаст условия для развития науки и народного просвещения и укрепит внутреннее единство и политическое могущество Речи Посполитой, стал одним из инициаторов Брестской церковной унии (1596).
Стиль Скарги характеризуют как ораторский и богато орнаментированный, с изысканной конструкцией и вплетением польских актуалий в прозу, подражающую библейским книгам пророков. Повествователь выступает в его текстах провидцем и пророком, стоящим на страже традиционных и национальных ценностей.
К образу Скарги как вдохновенного национального пророка обращались поэты романтики Адам Мицкевич и Норвид, а также художник Ян Матейко.