Получив степень доктора наук в 1966, он работает с Паскуалем Йорданом в Академии наук в г. Майнц, Германия. Затем он являлся сотрудником института Высших Исследований в Принстоне, США и позже становится инструктором и доцентом Принстонского университета. В 1975 году он был визитинг-профессором в университете Киото, Япония, а также в университете Западной Австралии, в Перте. В последующие годы (1975-1978) он сотрудничает с НАСА, будучи членом комиссии по использованию космических станций. В 1976 он становится профессором теоретической физики университета Катании, Сицилия, а в 1978 он становится профессором Римского университета «Сапиенца». В 1985 году он избирается Президентом Международного центра релятивистской астрофизики (ICRA). В 1984, совместно с Абдусом Саламом, он учреждает конференцию имени Марселя Гроссмана. С 1987 он является со-учредителем Итальянско-Корейских конференций по релятивистской астрофизике. В 1989-93 годах он являлся президентом научного комитета Итальянского космического агентства. Работает редактором нескольких научных журналов. Женат на Анне Импоненте, имеет сына Якопо.
Его теоретические исследования привели к концепции бозонных звёзд. В его классической статье, написанной совместно с Джоном Уилером «Introducing the Black Hole» впервые впервые вводится понятие об астрофизической «черной дыре». Совместно с Деметриосом Кристодулу он создал теорию обратимых и необратимых преобразований черной дыры, и установил формулу для извлекаемой энергии черной дыры, наделенной электрическим зарядом, массой и вращательным моментом.
Его теоретическая работа привела к отождествлению первых чёрных дыр в Галактике: совместно со своим студентом Ч. Роадесом , Руффини установил абсолютный верхний предел на массу нейтронных звезд и, совместно с другим свои студентом Робертом Личем , применив эти результаты к объекту Лебедь-X1, с помощью данных Риккардо Джаккони и его группы, полученных со спутника Uhuru, впервые идентифицировал этот объект как чёрную дыру, . За эти работы Руффини в 1972 году присуждается пермия Cressy Morrison, учрежденная Академией Наук Нью-Йорка.
Совместно со своими студентами Кальцетти, Джавалиско, Сонгом и Таральо Руффини развивал представления о роли фрактальных структур в космологии , . Совместно с Т. Дамуром Руффини применил теорию Гейзенберга-Ойлера-Швингера о рождении пар к черным дырам и ввёл понятие диадосферы — области, где этот процесс имеет место. Гамма-всплески, возможно, являются первыми свидетельствами такого процесса рождения пар в астрофизике, что предшествует наблюдению этого явления в лабораториях на Земле, и представляет собой первое свидетельство процесса извлечения энергии из чёрных дыр («чёрнодырная энергия»)).
Автор 21 книг, включая: