Сайе Зербо родился в мусульманской семье, в провинции Соно, на западе Верхней Вольты. Образование получил в Мали и в Сенегале (в городе Сен-Луи). Затем служил во французской колониальной армии, учился в военной академии Сен-Сир. В составе группы парашютистов принимад участие в военных действиях в Индокитае и в Алжире. После провозглашения независимости Верхней Вольты вступает в 1961 году в её вооружённые силы.
В 1974—1976 годах С.Зербо — министр иностранных дел в правительстве президента Сангуле Ламизана. Затем командует столичным полком, руководит военной разведкой. В 1980 году Зербо свергает президента Ламизану и сам занимает посты президента и премьер-министра. Принятая в 1977 году Конституция Верхней Вольты была отменена, власть в стране перешла к Военному совету. Против правления С.Зербо особенно активно выступали профсоюзы Верхней Вольты. В 1982 году он был свергнут и арестован Жаном Батистом Уэдраого. В 1983 Уэдраого был в свою очередь свергнут Томасом Санкарой, а в 1984 оба бывших президента Верхней Вольты, Ламизана и Зербо, предстали перед Народным трибуналом. С.Зербо был осуждён на 15 лет тюрьмы. Находясь в заключении, Зербо принял христианство. В августе 1985 года он был освобождён. Свергнувший Т.Санкара новый президент Буркина Фасо Блэз Компаоре приблизил к себе С.Зербо.
В настоящее время С.Зербо получает государственную пенсию как бывший глава государства и полковник буркинийской армии в отставке.