Семён Могилевич родился в Киеве. Мать — Геня Тевьевна Шепельская — врач. Отец — Юдка Могилевич — директор крупного полиграфического предприятия. Могилевич закончил Львовский университет со специальностью экономист, параллельно занимался подпольной покупкой-продажей золота и валюты. Был дважды судим — за нарушение правил валютных операций (1973) и мошенничество (1977). Первый раз 29-летнего Могилевича арестовали в 1975 году за скупку золота у эмигрирующих.
После освобождения Могилевич расширил свой бизнес. В Киеве он вместе с Юхимовичем создал «вокзальную» группировку. Укрепил налаженные ранее связи с подмосковной люберецкой бандой, установил контакты с «солнцевскими». В середине 80-х годов Могилевич переезжает в Москву и женится, несмотря на то, что в Киеве у него осталась супруга. На волне перестройки совместно с крупным криминальным авторитетом Сильвестром он создает фирму «Арбат-Интернешнл», занимающуюся морскими перевозками грузов на арендованных у Черноморского морского пароходства судах. Кроме того, к концу 80-х Могилевич организовывает кооператив «Внуково», владеющий сетью платных туалетов на московских вокзалах.
В 1988 году, наладив российский бизнес и оставив его на Сильвестра и других партнеров, Могилевич поселился в Венгрии. Здесь он завладел десятком ночных клубов и приобрел несколько заводов, связанных с производством оружия и служащих для прикрытия контрабанды оружия. Расширяя сеть ночных клубов и публичных домов в Венгрии, Могилевич также занялся экспортом из Украины девушек для проституции. Для этого он наладил связи с лидером киевской преступной группировки Черепом. На состоявшейся в 1994 году в Италии сходке крупнейших криминальных авторитетов мира Могилевич представлял СНГ. К тому времени он уже был представителем вора в законе Вячеслава Иванькова (известен как Япончик) в Европе. Кроме того, он успел побывать в Израиле и приобрести (вслед за российским и венгерским) гражданство этой страны.
В 1995 году британские правоохранители за отмывание через лондонские банки десятков миллионов долларов возбудили против Могилевича уголовное дело и подали его в розыск, а вскоре запретили ему въезд в страну. Через несколько лет Могилевичу пришлось покинуть США, где он подмял под себя американскую часть империи Япончика после ареста последнего.
В середине 1999 года вышла публикация в американском издании USA Today, посвящённая «делу Bank of New York». В статье утверждалось, что отмывание денег происходило через 4 счёта в Bank of New York и один — в банке Republic National Bank, причём все счета были открыты на фирму Benex. USA Today, ссылаясь на данные спецслужб, заявила, что основателем фирмы Benex являлся Семён Могилевич.
В Америке Могилевича обвинили в мошенничестве, рэкете и отмывании 10 миллиардов долларов. 24 апреля 2003 г. в США Семёну Могилевичу было предъявлено обвинение в подтасовке финансовой отчетности компании YBM Magnex International, рэкете, отмывании денег и ряде других преступлений. Правоохранительные органы США обращались к России с просьбой о его экстрадиции, но получили отказ.
В июле 2005 г. тогдашний руководитель Службы безопасности Украины Александр Турчинов заявил о наличии «косвенных доказательств» того, что Семён Могилевич контролирует компанию Rosukrenergo — эксклюзивного поставщика российского газа на Украину. Ранее Могилевич также упоминался в украинских СМИ как теневой владелец венгерской компании Eural Trans Gas, прежнего поставщика туркменского газа на Украину.
24 января 2008 года Могилевич был арестован в Москве, департаментом экономической безопасности МВД РФ по подозрению в соучастии в уклонении от уплаты налогов фирмой «Арбат Престиж». 24 июля 2009 года освобожден из под стражи под подписку о невыезде.
За информацию, которая приведет к аресту Могилевича, ФБР предлагает $100 тыс.