В 1919—1923 профессор Самарского, затем, до конца жизни — Ленинградского университетов. С 1930 руководил отделом русской литературы XX века в Институте русской литературы АН СССР (Пушкинский дом). Исследования С. Д. Балухатого посвящены, главным образом, творчеству М. Горького и А. П. Чехова.