Происходил из дворян Елизаветпольской губернии. Шахверди Хан являлся потомком ханов Гянджи из рода Зияд оглу, которые носили в Российской империи фамилию Зиятхановых. Брат российского и азербайджанского государственного и политического деятеля Исмаил Хана Зиятханова и азербайджанского государственного и политического деятеля Адиль Хана Зиятханова. Общее образование получил в Елизаветпольской гимназии.
Службу начал 29 ноября 1890 года рядовым на правах вольноопределяющегося 1-го разряда в 3-м эскадроне 44-го Нижегородского драгунского полка.
12 августа 1891 года командирован был в Елисаветградское кавалерийское юнкерское училище. Зачислен юнкером 2 сентября 1891 года. Окончил училище по второму разряду с переименованием в эстандарт-юнкеры 1 августа 1893 года. Вернулся в полк и 4 сентября 1893 года был назначен в 5-й эскадрон. 15 января 1895 года произведён в корнеты. 29 апреля 1895 года командирован для изучения сапёрного, железнодорожного и подрывного дела в лагерь Кавказской саперной бригады у сел. Тионеты Тифлисской губернии. Курс завершил с отметкой «очень хорошо». С 1 сентября по 23 ноября 1895 года в командировке во 2-м отделении кадра Кавказского кавалерийского запаса.
5 февраля 1896 года переведён в 3-й эскадрон полка. С 14 по 24 июля 1898 года временно командовал 2-м эскадроном. 15 марта 1899 года произведен в поручики. С 11 по 13 октября 1899 года и с 18 сентября по 9 ноября 1900 года временно командовал 6-м эскадроном.
15 марта 1903 года произведён в штабс-ротмистры. С 29 мая по 1 июня 1903 года временно командовал 2-м эскадроном.
С 26 марта по 6 сентября 1904 года находился в Омске, в распоряжении штаба Сибирского военного округа. 20 ноября 1904 года переведён подъесаулом в 1-й Сунженско-Владикавказский казачий полк. 27 декабря 1904 года прибыл к месту службы и был зачислен во 2-ю сотню. 17 июня 1905 года переведён в 1-ю сотню.
20 июня 1905 года «за отличие в бою против неприятеля» приказом командующего 2-й Манчжурской армией № 297 награждён орденом Святой Анны 4-й степени с надписью «за храбрость». 31 августа 1905 года приказом командующего 2-й Манчжурской армией № 438 «за отличие в бою с японцами 18 июня 1905 года» награждён орденом Святого Станислава 3-й степени с мечами и бантом.
16 декабря 1905 года прикомандирован ко 2-му Дагестанскому конному полку. 12 апреля 1906 года был прикомандирован к 44-му Нижегородскому драгунскому полку, а 11 апреля 1907 года переведён в этот полк.
C 13 декабря 1910 года обер-офицер для особых поручений при Елизаветпольском губернаторе, с состоянием по армейской кавалерии. 6 декабря 1911 года произведён в ротмистры.
26 сентября 1914 года ротмистр Шахверди Хан Зиятханов был назначен помощником командира Татарского конного полка Кавказской туземной конной дивизии.
Участвовал в боевых действиях на Юго-Западном фронте. 14 февраля 1914 года приказом Главнокомандующего Юго-Западным фронтом № 154 «за отличие в бою против неприятеля» награждён орденом Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом.