Профессиональную карьеру Ружичка начал в родном «ХК Нитра», в 15-летнем возрасте попав сначала в молодёжный состав, а позже периодически появляясь в фарм-клубе взрослой команды. В 2003 году, после удачного сезона, поведенного напополам между фарм-клубом и молодёжной командой, Штефан принял решение отправиться за океан.
Задрафтован в 2003 году «Филадельфией Флайерз» в третьем раунде, под общим 81-м номером.
Первые два сезона (03/04 и 04/05) он провёл в клубе OHL «Owen Sound Attack», «разбавив» их пятью играми за фарм-клуб «Филадельфии Флайерз» - «Филадельфию Фантомс», выступающей в AHL. Эти сезоны ознаменовались приличной результативностью. В сезоне 2003/04 в ворота соперников в 74 играх Штефан забросил 36 голов и сделал 44 результативные передачи, тем самым набрав по системе гол + пас 80 очков, этот результат позволил ему стать лучшим бомбардиром клуба. В февралье 2004 года признан лучшим игроком недели в лиге Онтарио. В этом же году попал во вторую сборную звёзд лиги Онтарио.
Сезон 2004/05 стал не менее удачным, и 62 матча ознаменовались 70 набранными очками (37 шайб + 33 передачи). Неудивительно, что на следующий год тренеры «Филадельфии» отправили его на уровень выше в AHL, играть за фарм-клуб - «Филадельфию Фантомс».
Переход из молодёжного хоккея во взрослый дался Ружичке нелегко, но всё-таки он смог закончить сезон, став третьим в Филадельфии «Фантомс» по результативности (48 очков в 74 встречах). В этом же сезоне Штефан дебютирует в НХЛ. Первый матч в составе «Филадельфии Флайерз» он провел 8 февраля 2006 года против команды «Нью-Йорк Айлендерс». Стоит отметить, что в этом сезоне цвета клуба Филадельфии Флайерз, защищал также будущий одноклубник Штефана по «Спартаку» и его земляк – словацкий нападающий Бранко Радивоевич.
Первую шайбу в Национальной Хоккейной Лиге Штефан забросил в матче против «Питтсбург Пингвинз» 26 октября 2006 года.
Сезон 2006/07 на данный момент стал самым удачным у Ружички в НХЛ, он провёл 40 матчей за «Флайерз», в которых забил 3 шайбы и сделал 10 передач, выходя в 4 звене. Однако после этого прогресса не последовало, и на будущий год он отыграл в НХЛ лишь 14 встреч (забросив 1 шайбу и сделав 3 передачи), проведя основную часть сезона в фарм-клубе (29 игр, 14 голов и 9 передач).
Помимо заброшенных шайб и результативных передач в НХЛ, Штефан запомнился несколькими драками. Самым зрелищным оказался поединок с Дэрилом Сидором из «Питтсбург Пингвинз» 10 ноября 2007 года.
Отсутствие нового контракта с «Филадельфией», а точнее нежелание продлевать со стороны игрока, необходимость в жесточайшей конкуренции постоянно доказывать свою состоятельность как хоккеиста, а от этого туманность НХЛ-ловских перспектив, сподвигли Ружичку на смену лиг и континентов. «Филадельфия» уступила своё место московскому «Спартаку», о чем, как признаётся сам Штефан, нисколько не жалеет.
В «Спартаке» Штефан стал одним из лидеров команды и любимцем болельщиков. В марте 2010 года он подписал еще один двухлетний контракт с московским клубом. Заокеанские СМИ утверждали, что руководители «Флайерз» узнав о том, как ярко заявил о себе Ружичка в чемпионате КХЛ, очень пожалели, что упустили такого мастера.
Бороться за место в составе Ружичке приходилось не только в НХЛ, но и в сборной Словакии. После того, как его не взяли на Зимние Олимпийские игры 2010 в Ванкувере, Штефан откровенно захандрил, что сказывалось и на играх в КХЛ. На чемпионат мира по хоккею в Германии он сам решил не ездить, чтобы не расстраиваться, если не выйдет на лёд.