Адъюнкт натуральной истории и ботаники Петербургской Академии наук (1745). Первый русский профессор натуральной истории и ботаники Академии наук (1750). Ректор Университета Академии наук и инспектор Академической гимназии (1750).
Родился в Москве в бедной семье солдата лейб-гвардейского Преображенского полка.
В 1724 году был определён в класс философии Славяно-греко-латинской академии при Московской духовной академии, где получил хорошее образование и блестяще освоил латинский и греческий языки; в конце 1732 года по указу Сената направлен в числе 12 учеников старших классов в Петербург в Академическую гимназию при Петербургском университете для приобретения знаний по физике, географии и естественной истории. После испытаний решением Собрания Академии наук был зачислен студентом в состав академического отряда Великой Северной экспедиции под руководством профессоров И.-Г. Гмелина (1709—1755), Г.-Ф. Миллера (1705—1783), Людовика Делиля де ла Кроера (ок. 1688—1741).
Крашенинников сопровождал И. Г. Гмелина в его трёхлетнем путешествии по Сибири (1733—1736). Путевой дневник, который он вёл, и отчёты о путешествии содержат сведения по ботанике, этнографии, зоологии, истории, географии Сибири, словари тунгусского и бурятского языков.
Из Петербурга выехали в Сибирь 19 августа 1733 года.
Далекое путешествие через Урал было для Крашенинникова первым. Здесь он быстро выделился и знаниями, и работоспособностью, и талантливостью. Учёные проводили в пути исторические, географические изыскания, изучали флору, фауну, интересовались бытом и жизнью населения. Крашенинников помогал Гмелину в сборе гербария.
В конце января 1734 года прибыли в Тобольск. В мае 1734 года выехали в направлении на Семипалатинск. Дальнейший путь экспедиции лежал на Усть-Каменогорск и оттуда — на север, на Колыванский завод, Кузнецк и Томск. От Томска экспедиция повернула на восток, пересекла Енисей и направилась в Предбайкалье.
Пребывание Крашенинникова на территории Приенисейского края относится к начальному периоду его становления как учёного. Вместе с Гмелиным они наладили в Енисейске регулярные метеорологические наблюдения, анатомировали дотоле неизвестных малых мускусных оленей, привезённых из Саян, отправили в Петербург кости «зверя кабарги».
Студенту Крашенинникову было поручено организовать исследование двух пещер и наскальных рисунков первобытных людей в окрестностях Красноярска. Крашенинников стал одним из первых русских спелеологов, исследователем подземных пустот на Енисее.
Дальнейший путь Крашенинникова вместе со всей экспедицией шел от Удинского острога через Балаганский острог, Олонскую и Уриковскую слободы, Лиственничное и Галаусное зимовья, Кабанский острог и Архангельскую слободу на другой Удинский острог, Селенгинский острог и Кяхту. В Кяхту приехали 24 апреля 1735 года. После Кяхты путь Крашенинникова вместе со всей экспедицией шел на Черняево зимовье, Нерчинский острог, Еравнинский острог, Читинский острог и Аргунские серебряные заводы.
С Аргунских серебряных заводов Крашенинников с другими участниками экспедиции приехал в Аргунский острог. Отсюда 20 июля 1735 года он был отправлен в свою первую, самостоятельную экспедицию для изучения тёплых источников на реку Онон. Совершив труднейшую поездку через горные таёжные хребты, он составил подробное описание этих источников.
Отправившись в начале 1736 года из Иркутска, Крашенинников посетил и описал Баргузинский острог, слюдяные месторождения на побережье озера Байкал, а затем, переплыв Байкал, осмотрел остров Ольхон и таёжными тропами добрался до Верхоленского острога, исследовал минеральные горячие источники в бассейне рек Баргузина и Горячей, вместе с геодезистом А. Ивановым первым описал Кемпендяйские соляные источники на двух правых притоках Вилюя; проследил степь от Байкала до верховьев Лены и более 2100 км её течения — вплоть до Якутска.
«Академическая свита» проехала на лошадях в верховья Лены и оттуда отправилась вниз по реке — в Якутск. Крашенинников совершил поездку вверх по Витиму. После каждой поездки он в подробных рапортах давал описание своего пути.
В Якутске Камчатская экспедиция зазимовала.
В первой половине 1737 года Миллер и Гмелин находились в Якутске вместе с командой В. Беринга. Здесь они приняли решение не ехать дальше под предлогом отсутствия судов в Охотске и необходимых припасов на Камчатке. Вместо себя они отправили Крашенинникова для «чинения там всяких обсерваций и изследований и для приуготовления, что в тех краях к прибытию нашему потребно». Инструкция предусматривала огромный объём географических описаний, метеорологических и гидрографических наблюдений, минералогических, ботанических, зоологических, этнографических и исторических исследований на всём пути от Якутска до Охотска и на Камчатке. В июле 1737 года Крашенинников отделился от основной экспедиции и вместе с переводчиком отправился в полуторамесячный путь через Охотск на Камчатку для наблюдений по программе, составленной Гмелином и Миллером, и подготовки помещений для приёма остальных членов экспедиции.
Позднее Гмелин писал в своих Записках:
Крашенинников пришёл в Охотск пешком и приступил к изучению края: исследовал приливы и отливы, организовал метеорологические наблюдения, составил списки ламутских родов, изучал флору и фауну в окрестностях города; привёл в порядок свой дневник. Перед отъездом на Камчатку он направил в Якутск рапорт, в котором описал тракт из Якутска в Охотск и дал описание зверей, птиц и некоторых наиболее интересных растений.
16 октября 1737 года молодой учёный на парусном боте «Фортуна» отправился на Камчатку. На подходе к полуострову во время шторма бот потерпел крушение, и Крашенинников оказался на берегу без имущества и снаряжения. Из устья реки Большой на долблёных лодках Крашенинников с большими трудностями поднялся вверх по реке до Большерецкого острога — центра управления Камчаткой. Об этом Крашенинников смог дать знать Гмелину лишь в 1738 году, Гмелин получил известие в начале 1739 года. Ходатайствуя в 1740 году об увеличении содержания Крашенинникова, Академия наук писала в Сенат на основании извещения Миллера и Гмелина:
Всего на полуострове Крашенинников пробыл четыре года (1737—1741). (Профессор астрономии Делиль де ла Кройер и адъюнкт натуральной истории Стеллер (1709—1746) прибыли на полуостров только через три года, в 1740 году.)
Работая в одиночку, Крашенинников собрал уникальный естественно-исторический материал об этом не изученном тогда районе России, его растительном и животном мире, природных условиях, полезных ископаемых, жизни и языке коренного населения — курильцев, ительменов, коряков, истории завоевания и заселения Камчатки.
В январе 1738 года им были изучены и описаны горячие ключи на притоке реки Бааню.
Весной 1738 года Крашенинников начал с несколькими помощниками из солдат и казаков всестороннее исследование Камчатки (350 000 км?), буквально искрестив её широтными и меридиональными маршрутами. Длина пройденного им побережья составила более 1700 км, а внутренних учтённых маршрутов — свыше 3500 км. Срединный хребет он проследил почти на 900 км, то есть на три четверти длины. Он не просмотрел на полуострове только три береговых отрезка: относительно небольшой западный и два коротких — юго-западный и юго-восточный, в общей сложности всего около 700 км.
Многократное пересечение территории дало Крашенинникову основание для характеристики рельефа полуострова.
Учёный описал четыре восточных полуострова Камчатки — Шипунский, Кроноцкий, Камчатский и Озерной — и образуемые ими заливы, а также несколько бухт, в том числе Авачинскую. Он проследил течение крупных рек, прежде всего Камчатки (758 км), охарактеризовал ряд озёр, включая Нерпичье и Кроноцкое. Исследовал почти все вулканы Камчатки — сопки Авачинскую, Корякскую, Кроноцкую, Толбачинскую и величайший действующий вулкан Евразии — Ключевскую сопку (4688 м).
Отправив помощника Степана Плишкина с толмачом Михаилом Лепихиным в «Курильскую землицу» (на Курильские острова) за сбором материала, весной 1738 года учёный посетил долину Паужетки (левый приток Озёрной), открыл и впервые описал полуметровые бьющие гейзеры. Вторую группу гейзеров, выбрасывающих воду на высоту до 1,4 м, он обнаружил в долине реки Банной (бассейн Быстрой).
Осенью 1739 года Крашенинников снова отправился в далёкое путешествие по полуострову. На лодке он поднялся вверх по реке Быстрой, с верховья её перебрался к верховьям реки Камчатки и по ней плыл до Нижне-Камчатского острога. Здесь учёный записал со слов ведущего метеорологические наблюдения Василия Мохнаткина подробные сведения о северном сиянии, которое было хорошо видно в марте 1739 года.
Только 2 октября 1740 года прибыли на Камчатку для участия в плавании Беринга и Чирикова к берегам Северной Америки Стеллер и Делиль де ла Кройер. Крашенинников, поступив в распоряжение Стеллера, передал ему материалы наблюдений, дневники и помощников.
Оставаясь на Камчатке зимой 1740 года, Крашенинников совершил последнюю большую поездку по полуострову. Основной её целью было изучение быта коряков. Он наблюдал извержение вулкана Толбачика.
За время экспедиции Крашенинников проделал громадную работу: исследовал историю освоения Камчатки, подробно описал все реки и речки, впадающие в океан, горячие ключи, населённые пункты, написал о природе Курильских и Алеутских островов, узнал некоторые данные о северо-западной Америке. Помимо географических, ему удалось собрать также обширные геологические, метеорологические, этнографические, ботанические и зоологические материалы, составить словарики ительменов и коряков.
В июне 1741 года путешественник отправился на судне в Охотск и далее в Якутск, а затем через Иркутск и Тобольск, в феврале 1743 года, почти через десять лет после начала экспедиции, вернулся в Санкт-Петербург. В его черновом журнале можно найти подсчёты путей и дорог: 25 тысяч 773 версты прошёл он по Сибири и Камчатке.
Академическое собрание, установив большие познания Крашенинникова в естественной истории и принимая во внимание хорошие отчёты об исследовании Камчатки, постановило оставить его при Академии наук для совершенствования в науках. Молодой учёный приступил к работе в Ботаническом саду при Академии наук.
В 1745 году в ответ на прошение Крашенинникова о предоставлении ему звания адъюнкта Академическим собранием «было решено предписать ему, чтобы он взял себе для разработки какую-то тему по естественной истории и, закончив как можно скорее, представил коллегии профессоров, чтобы они могли лучше судить о его успехах». Уже через четыре дня Крашенинников представил работу по ихтиологии и 25 июля 1745 года получил звание адъюнкта натуральной истории и ботаники, продолжая работать в Ботаническом саду, которым заведовал профессор И. Г. Сигезбек (1685—1755), а после увольнения того из Академии наук (1747) фактически возглавил это учреждение.
Крашенинникову было предложено приступить к разработке материалов по исследованию Камчатки. Ему была передана рукопись Стеллера, который, возвращаясь в Петербург из экспедиции Беринга, умер в Тюмени в 1745 году.
Крашенинников входил в группу ведущих учёных Академии наук, разделявших взгляды М. В. Ломоносова на её задачи и способствовавших созданию русской национальной науки и культуры. В 1749 году он был избран в состав комиссии по рассмотрению скандально знаменитой «диссертации» академика Г. Ф. Миллера (1705—1783) «О начале и происхождении имени российского народа». В ходе работы комиссии Степан Петрович вместе с Ломоносовым, Тредиаковским и Н. И. Поповым активно выступал против теории о нордическом происхождении названия русского государства.
11 апреля 1750 года Крашенинников был избран профессором «по кафедре истории натуральной и ботаники», став первым русским учёным-академиком, преподававшим эту науку. В июне 1750 года назначен ректором Академического университета и инспектором Академической гимназии при Академии наук. Крашенинников пытался создать школу и оставил, «несмотря на свою раннюю смерть и неполноправное положение адъюнкта, учеников — русских. Это последнее обстоятельство нельзя не учитывать особенно сильно, ибо отсутствие преемственности есть одно из главных условий медленного темпа русской культурной истории». Из учеников Крашенинникова выделился один — врач и ботаник К. И. Щепин.
В течение нескольких лет Степан Петрович обрабатывал матер