Биер родился в городе Форт-Лодердейл, штат Флорида, в семье школьных учителей. Отец — еврей, мать — католичка. В детстве ему был поставлен диагноз — СДВГ, от чего родители давали ему риталин. Закончив школу, он перестал пить лекарства и поступил в колледж. Получив образование по компьютерной инженерии, Биер отказался от работы в NASA и присоединился к коллективу Marilyn Manson & the Spooky Kids в качестве клавишника. На Баера оказали музыкальное влияние группы Big Black, Black Sabbath, Buffalo Tom, Butthole Surfers, Fear и Ramones.
Стивен не умел играть на клавишных до вступления в группу в 1989 году. Однако впоследствии он научился играть не только на синтезаторе, но и на многих других инструментах (орган, саксофон, барабаны). Кроме этого в творчество группы Стивен внёс ещё каббализм и нумерологию.
Над альбомом Eat Me, Drink Me он уже не работал. В 2005 Биер покинул группу и уехал во Флориду, где стал заниматься фотографией. На его место в группе пришёл Крис Вренна.
2 августа 2007 года Стивен Биер подал иск против Мэрилина Мэнсона с требованием выплатить гонорар в размере 20 миллионов долларов. Биер утверждал, что Мэрилин Мэнсон растрачивал деньги группы на личные цели (подарки Дите фон Тиз, коллекция нацистской атрибутики, свадьба, наркотики, съёмка фильма Фантасмагория: Видения Льюиса Кэрролла).
Суд постановил Мэнсону выплатить $380.000.