Н. Н. Субботин происходил из потомственных дворян Витебской губернии. Православного вероисповедания.
Общее образование Н. Н. Субботин получил в Екатеринбургском Алексеевском реальном училище, в котором «окончил полный курс наук», а военное ? в Елисаветградском кавалерийском юнкерском училище (где учился по второму разряду и по окончании которого ? 18 /30/ августа 1887 г. ? был переименован в «эстандарт юнкера»).
В службу Н. Н. Субботин вступил 2 (14) августа 1885 г. в 21-й Драгунский Белорусский Его Императорского Высочества Великого Князя Михаила Николаевича полк «рядовым на правах вольноопределяющегося II разряда».
За время службы он производился в следующие чины: нижний чин ? со 2 (14) августа 1885 г., корнет ? со 2 мая 1888 г. (с определением в 15-й драгунский Александрийский Его Императорского Высочества Великого Князя Николая Николаевича Старшего полк), поручик ? с 15 (27) августа 1893 г. (со старшинством со 2 /14/ мая 1892 г.), штабс-ротмистр ? с 15 (27) марта 1894 г., ротмистр ? с 6 (18) декабря 1895 г., подполковник ? с 26 февраля (10 марта) 1904 г.
По состоянию на на 24 июня (7 июля) 1913 г., Н. Н. Субботин «в походах и делах против неприятеля» не участвовал.
Жандармскую службу Н. Н. Субботин начал нести с 18 (30) ноября 1890 г., когда был прикомандирован к Московскому жандармскому дивизиону «для испытания по службе и перевода в оный впоследствии». Однако 5 (17) апреля 1891 г., по собственному желанию, он был направлен обратно в свой полк «чёрных гусаров».
23 ноября (5 декабря) 1894 г. Н. Н. Субботина прикомандировали к штабу Отдельного корпуса жандармов ? «для испытания по службе и перевода впоследствии в Корпус», который состоялся, согласно Высочайшему приказу, 7 (19) мая 1895 г.
8 (20) мая 1895 г. Н. Н. Субботин был назначен адъютантом Сувалкского губернского жандармского управления, 23 августа (4 сентября) 1896 г. ? адъютантом Люблинского губернского жандармского управления, 7 (19) ноября 1897 г. ? начальником Славянского отделения Харьковского жандармского полицейского управления железных дорог (ЖПУЖД), 23 октября (4 ноября) 1898 г. ? начальником Александропольского отделения Тифлисского ЖПУЖД, но до отправления к месту назначения, приказом по ОКЖ, был отчислен от неё с прикомандированием 3 (15) ноября 1898 г. к Харьковскому ЖПУЖД.
Затем ? 4 (16) декабря 1898 г. ? Н. Н. Субботин был прикомандирован к Минскому ЖПУЖД, 31 марта (12 апреля) 1899 г. ? назначен начальником Пинского отделения Минского ЖПУЖД, 24 ноября 1903 г. - начальником Рославль-Витебского отделения Московско-Рижского ЖПУЖД. Со 2 (15) августа по 5 (18) ноября 1905 г. он находился в распоряжении начальника Черниговского губернского жандармского управления, а 2 (15) июня 1906 г. был назначен начальником Минского (переименованного 11 /24/ июля 1906 г. в Борисовское) отделения Московско-Рижского ЖПУЖД. Кроме того, с 25 сентября (8 октября) по 17 (30) октября 1909 г. Н. Н. Субботин находился в распоряжении начальника Киевского ЖПУЖД, а также на протяжении разного времени временно заведовал целым рядом управлений и их отделений.
При этом, благодаря своему ответственному отношению к делу и завидной энергии, он везде считался особо ценным работником. Как отмечалось, в частности, в письме от 1 (14) февраля 1913 г. начальнику КГЖУ К. И. Калинину начальника Минского губернского жандармского управления, прикомандированный в разные годы к последнему Н. Н. Субботин осуществил здесь двадцать два дознания и одну «переписку в порядке охраны», причём, «все эти дознания произведены им настолько удовлетворительно, что ни одно из дознаний возвращено не было». Известно также, что за производство этих дознаний он получил в апреле 1909 г. от прокурора Виленской судебной палаты благодарность, о чём тот довёл до сведения начальника штаба ОКЖ.
21 января (3 февраля) 1913 г. подполковник Н. Н. Субботин официально обратился к начальнику КГЖУ К. И. Калинину с просьбой оказать содействие в его перемещении в Казань, прося того «не отказать войти с ходатайством» в штаб ОКЖ и Департамент полиции МВД о своём переводе в КГЖУ, «когда в таковом откроется вакансия». При этом, в другом ? доверительном ? письме, датированном 19 января (1 февраля) 1913 г., он мотивировал свою просьбу тем, что «в Управлении служится мне отлично, но правду сказать, ж[елезно]-д[орожная] служба до невозможности опротивела».
В результате, приказом по ОКЖ № 169 от 11 (24) июня 1913 г. Н. Н. Субботин был назначен помощником начальника КГЖУ в Казанском, Лаишевском, Чистопольском, Мамадышском и Цивильском уездах. Причём, прибыв 20 июля (3 августа) 1913 г. в Казань, он тут же ? в связи с тем, что К. И. Калинин находился в это время в двухмесячном отпуске, ? вступил во временное исправление должности начальника КГЖУ.
Приказом по ОКЖ за подписью командующего последним генерал-майора графа Д. Н. Татищева за № 91 (п. 10) от 3 (16) июня 1916 г., Н. Н. Субботин был назначен исправляющим должность начальника Томского губернского жандармского управления, и 5 (18) июля 1916 г. выехал из Казани в Томск. В дальнейшем он был произведён в полковники. Н. Н. Субботин стал последним начальником Томского губернского жандармского управления.
После 1917 г. полковник Н. Н. Субботин упоминался, в частности, в связи со службой в колчаковских контрразведывательных органах ? в качестве одного из помощников начальника отдела военного контроля Сибирской армии И. И. Зайчека.
По состоянию на 24 июня (7 июля) 1913 г., Н. Н. Субботин был награждён: орденом Святой Анны 3-й степени (22 апреля /5 мая/ 1907 г.), серебряной медалью «В память царствования в Бозе почивающего Императора Александра III», медалью Красного Креста «В память русско-японской войны 1904 ? 1905 гг.» (7 /20/ сентября 1909 г.), светлобронзовой медалью «В память 100-летия Отечественной войны 1812 года» (10 /23/ декабря 1912 г.), а также «всемилостивейшее пожалован» золотыми закрытыми часами (20 сентября /3 октября/ 1910 г.) и золотым портсигаром (23 октября /5 ноября/ 1912 г.).
По состоянию на на 24 июня (7 июля) 1913 г., Н. Н. Субботин был холост.