Отец — учитель начальной школы. Видунас известен также под литуанизированным вариантом имени Вилюс Стороста (лит. Vilius Storosta). Закончил учительскую семинарию в Рагните (ныне Неман). С 1888 преподавал в школах. В университетах Германии (Грайфсвальд, 1896—1898; Галле, 1899; Лейпциг, 1900—1902; Берлин, 1913—1919) изучал литературу, философию, историю искусства, историю религии, иностранные языки. Преподавал в Клайпеде в музыкальной школе. С 1892 с перерывами жил в Тильзите (ныне Советск), преподавал в средней школе английский и французский языки.
Живя в Тильзите, Видунас возглавлял культурную жизнь литовцев Восточной Пруссии. Организовывал кружки и общества, хоры, выступал с лекциями, выпускал литовские периодические издания «Шальтинис» (лит. «?altinis», «Источник»), «Яунимас» (лит. «Jaunimas», «Молодёжь») и др. Написал несколько статей и брошюр на немецком языке о литовцах, их истории и культуре.
Автор пьес «Тени предков» (лит. «Probo?i? ?e??liai», 1908), «Вечный огонь» (лит. «Am?ina ugnis», 1912), «Мировой пожар» (лит. «Pasaulio gaisras», 1928) и др. Драматические произведения основаны на символистской эстетике и близки старинным жанрам мистерий и моралите.
В 1927 стал членом «ПЕН-клуба», и до послевоенного времени оставался единственным литовцем, принятым в эту всемирную организацию писателей, основанную Голсуорси в 1921 .
В философских и религиозно-мистических статьях и трактатах «Смерть и что далее» (1907), «Таинственное величие человека» (1907), «Жизненная основа народа» (1920) развивал эклектичное учение, основанное на элементах неоплатонизма, Бхагавад-гите и теософской рецепции индийских религиозно-философских учений. Пропагандировал вегетарианство, которого и сам придерживался.
С приходом к власти в Германии гитлеровцев подвергался репрессиям. В 1938 был арестован и содержался в заключении, но благодаря протестам известных деятелей культуры был освобождён. В 1944 с приближением советских войск, как и другие жители Тильзита, эвакуировался. Умер в Детмольде. В 1991 прах Видунаса перезахоронен в Битенай (Шилутский район).
Видунас изображён на банкноте в 200 литов. В посёлке Кинтай Шилутского района действует Центр культуры Видунаса, включающий в себя мемориальную экспозицию. Главный её экспонат — подлинная арфа Видунаса, игрой на которой он ежедневно устанавливал гармонию между своим атманом и вселенским брахманом.