Сразу после убийства СМИ распространили информацию, что Виген убит на национальной почве скинхедами. Однако вслед за тем следствие заявило, что в убийстве виновен 16-летний ученик московской школы Денис Кулагин, который дал признательные показания. Ссора якобы вспыхнула из-за девушки по имени Жанна, которую якобы Виген грубо оскорбил, после чего Денис ударил его ножом. По данным следствия, в день убийства 22 апреля Денис Кулагин и Виген Абрамянц случайно оказались в одной компании футбольных болельщиков «Спартака» и «Локомотива», искавшей встречи с фанатами ЦСКА. Ранее молодые люди знакомы не были, однако имели общих приятелей среди фанатов, которые и позвали их на платформу станции метро «Пушкинская», где было назначено место встречи. Утверждения про скинхедов были объявлены выдумками.
Вскоре после этого, однако, Денис взял назад свои признательные покзания, а в прессе появились заявления матери Дениса Ольги Кулагиной и его девушки Жанны, из-за которой по версии следствия произошёл конфликт. Согласно заявлению Кулагиной со слов Дениса, Денис и Жанна, действительно, собрались посмотреть драку фанатов «Спартака» и «Локомотива»; в компании оказался и Виген, как знакомый их знакомых. Всего собралось 12 человек. Двое из них — курсант школы милиции по имени Лазарь и Виген — около 16:45 вышли наверх покурить, но затем бегом спустились с эскалатора и бросились к товарищам со словами: «За нами идут или следят». Тотчас после этого на них напала группа стриженых наголо молодых людей в кожанках, которые стали их бить. Увидев в руках одного из нападавших нож, Денис схватил Жанну и прыгнул вместе с ней в вагон. Доехав до следующей станции («Баррикадная»), они пересели на другой поезд, вернулся на «Пушкинскую», подошли к милиционерам и рассказали о нападавших. В результате Денис попал в милицию, где его обвинили в убийстве. 4 часа его допрашивали (вопреки закону) в отсутствие совершеннолетних. Приехавшей матери, Ольге Кулагиной, по её словам было заявлено: «Денис сядет на 15 лет за убийство на национальной почве, или за убийство из личной неприязни — защищая честь девушки. За убийство в „любовном треугольнике“ следователь пообещал „условно“ либо незначительный срок. И попросил написать признание». При этом на раздумье были даны всего пять минут. По настоянию матери Денис подписал признание, однако, вернувшись домой и посоветовавшись с адвокатами, Кулагина поняла, что «сломала сыну жизнь».
Согласно рассказу матери Жанны Нефедовой со слов девушки, Жанна и её товарищи «кружком стояли на платформе, ждали кого-то. Жанна с Денисом целовались. Вдруг какие-то парни в черных куртках окружили их. Один из них, бритоголовый, с щетиной, вошел в их круг и сразу направился к Вагану. Денис, почувствовав, что сейчас что-то произойдет, быстро выпихнул Жанну из круга и шепнул „беги“. Последнее, что она увидела, как в руке бритоголового блеснул нож. Как он пырнул Вагана, она не видела. Эти парни в чёрном затем побежали и по ходу ударили Жанну. Мы сегодня сняли синяки в травмпункте. Ещё она помнит, как какой-то мужчина держал на коленях бледного Вагана, пытаясь возвратить его к жизни. На следующее утро пришёл к нам домой следователь и долго допрашивал Жанну. А в ночь на воскресенье к нам ввалились шесть милиционеров в гражданке и произвели обыск. Они искали нож Дениса. Но, разумеется, не нашли. Дочь мне сказала, что Ваган её не оскорблял. Он вообще не сказал ни слова. Только улыбался».
Представители следствия категорически отвергли эту версию. По словам заместителя начальника Управления информации и общественных связей ГУВД Москвы, никаких других раненых, кроме Вигена, в драке не было. «Сейчас уже пошли только разговоры, что выскочили бритоголовые из вагона, которые и напали на подростка-армянина. Мать Кулагина утверждала, что ее сын дал показания под принуждением, поскольку милиционеры ему не оставили выбора. Все это — полный бред».
25 апреля 2006 — Черемушкинский суд Москвы продлил срок задержания Дениса, однако уже 28 апреля он был освобожден за недостатком улик. Родители Вигена, как и вообще представители армянской общины Москвы, изначально не верили в виновность Дениса, настаивая, что убийство произошло на национальной почве. Вскоре после убийства более сотни армян устроили несанкционированный митинг, перекрыв движение по Новому Арбату, требуя найти следы скинхедов. На сороковой день после убийства Денис с мамой посетил поминки и был тепло принят семьей убитого.