Виллем Брёкер с детства мечтал стать пианистом и композитором, однако фортепиано в послевоенной Европе было весьма дорогостоящим приобретением, поэтому будущему музыканту удалось раздобыть только кларнет. На этом инструменте, а также на блок-флейте, Брёкер играл в различных любительских ансамблях. В музыкальную школу Виллема не приняли из-за «отсутствия таланта», поэтому все инструменты (включая бас-кларнет, который ему вручили в оркестре, как единственному согласившемуся играть на нём) он осваивал самостоятельно. Для участия в уличных маршах музыкант получил тенор-саксофон. В то время он уже купил альт-саксофон, а свой кларнет выменял на сопрано-саксофон. Виллем слушал много различной музыки и в то время уже сочинял её на старом фортепиано, но тяготел к импровизации.
В 1967 году Брёкер совместно с Мишей Менгельбергом и Ханом Беннинком организовали Instant Composers Pool — коллектив, сочетавший в своём творчестве авангардный джаз и театральные постановки комического характера. Вскоре был основан независимый лейбл с тем же названием. Этот лейбл оказался не последним собственным звукозаписывающим предприятием в карьере Брёкера: в 1974 году он основал компанию BVHaast Records.
Параллельно с Instant Composers Pool Брёкер и Беннинк работали над дуэтом New Acoustic Swing Duo, и вскоре под маркой ICP увидел свет одноимённый альбом, который был переиздан в 1984 году. В конце 1960-х годов Брёкер также играл с Globe Unity Orchestra Александра фон Шлиппенбаха.
В Instant Composers Pool Брёкер участвовал до 1973 года. В следующем году он основал свой наиболее долгоиграющий проект — Willem Breuker Kollektief. Направленность творчества осталась примерно той же — сочетание джазовых импровизаций с эксцентричностью, театрально-музыкальной иронией, пародийностью, обилием цитат из классических произведений академической музыки и традиционного джаза. Постановочные шоу и юмор позволили ансамблю давать концерты для детей. Что касается музыкальной ткани творчества WBK, то в неё также вплетались элементы различных популярных жанров — цирковой музыки, маршей, латиноамериканских мелодий; современные ансамблевые риффы сочетались с неожиданными ритмическими смещениями. Одним из наиболее оригинальных экспериментов Брёкера стала композиция для трёх шарманок и 19 мандолин. Большую часть своего существования коллектив состоял из десяти участников. Дискография Willem Breuker Kollektief насчитывает более тридцати альбомов. Помимо всего прочего, группой были записаны трибьюты Эннио Морриконе, Курта Вайля, Джорджа Гершвина и других. В 1999 году, к 25-летию ансамбля, на BVHaast вышла книга «Willem Breuker Kollektief: Celebrating 25 Years on the Road», включавшая два CD.
Виллем Брёкер также известен, как обладатель большой коллекции музыки и различных документов Курта Вайля. В 1997 году музыкант выступил в качестве продюсера 48-часового 12-серийного цикла документальных радиопередач «Componist Kurt Weill». Кроме того, он написал музыку для нескольких нидерландских фильмов (что тоже нашло своеобразное отражение в творчестве Willem Breuker Kollektief), в числе которых картина Йоса Стеллинга «Иллюзионист». В течение более чем сорока лет Брёкер организовал множество фестивалей, начиная с амстердамского Klap op de Vuurpijl 1977 года.
В 1998 году Виллем Брёкер стал рыцарем Ордена Нидерландского льва. Музыкант скончался 23 июля 2010 года в Амстердаме от рака лёгких.