Вячеслав Шишков родился 21 сентября (3 октября) 1873 года в Бежецке (ныне Тверской области) в купеческой семье.
Учился в частном пансионе, потом в Бежецком городском 6-классном училище (1882—1888), в 1891 году окончил Вышневолоцкое училище кондукторов путей сообщения.
После непродолжительной практики в Новгородской и Вологодской губерниях в 1894 прибыл на работу в Томск на службу по округу водных путей сообщения.
Участвовал в геодезических экспедициях, с 1903 года был и руководителем многих из них. Обследовал Обь, Енисей, Чулым, Чарыш, Лену, Витим и другие сибирские реки. Особое значение как в инженерном, так и творческом плане имели работы по исследованию Бии и трассы будущего Чуйского тракта. С 1915 работал в Министерстве путей сообщения в Петрограде.
После Октябрьской революции, которую встретил с настороженностью, отправляется в «скитания» по России (Лужский уезд, Смоленск, Кострома, Крым). Посетил г. Осташков, где начал работу над «Угрюм-рекой» (1918—1932).
Первая публикация — символическая сказка «Кедр» (1908) в газете «Сибирская жизнь» (Томск), в периодике 1908 — 1911 годов печатались путевые очерки и рассказы Шишкова.
С 1911 года Шишков является регулярным посетителем потанинских «четвергов», где бывала творческая и научная интеллигенция Томска.
Активную литературную деятельность Шишков начал в 1913 году (рассказы «Помолились», «Суд скорый», «Краля»), переехал в Петроград в 1915 году, сблизился с Максимом Горьким. В 1916 году при содействии Горького выходит первый сборник рассказов «Сибирский сказ».
После переезда в Петербург Сибирь и особенно Алтай остаются одной из основных тем его творчества. Вершиной сибирской прозы Шишкова стали романы «Ватага» (1923 год, о Гражданской войне) и «Угрюм-река» (2 тома, 1933 год о жизни в Сибири на рубеже XIX — XX веков). Итогом нескольких лет работы на Алтае дорожным инженером стал сборник путевых очерков "По Чуйскому тракту" и рассказов "Чуйские были". В 1928—1930 годах писатель работает над повестью «Странники» о беспризорниках.
С 1927 года Шишков жил в Детском (Царском Селе). Последние 7 лет жизни работал над исторической эпопеей «Емельян Пугачёв» (3 тома).
В 1941 году Шишков находится в блокадном Ленинграде (до 1 апреля 1942 года), пишет статьи для фронтовых газет, издает первый том «…Пугачева», оставшегося незаконченным.
Как художник Шишков воспринимается в русле демократического направления русского реализма. Его достижения в бытописании соседствуют с широким использованием аллегории, символики, особое восхищение читателей вызывает этнографическая языковая чуткость писателя.
В. Я Шишков умер 6 марта 1945 года. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (участок № 2).
20 августа 1950 года в городском саду города Бежецка был открыт памятник Вячеславу Шишкову. 5 ноября 1973 года в г. Бежецке открылся музей В. Я. Шишкова.
В 1953 году в Томске установлен бюст Вячеслава Шишкова, его именем названа улица, на доме, в котором жил Шишков, размещена памятная доска.
Несколько теплоходов получили имя «Вячеслав Шишков». Один из них эксплуатируется на Енисее Енисейским речным пароходством.
Имя В. Я. Шишкова носит Алтайская краевая универсальная научная библиотека (г.Барнаул).
В городе Бийске (Алтайский край) именем Шишкова названа улица, по которой проходит Чуйский тракт.
Краеведческий музей в селе Ербогачён носит имя В. Я. Шишкова.
На Чуйском тракте, недалеко от села Манжерок, установлен памятник В. Я. Шишкову.
Были установлены стипендии имени В. Я. Шишкова в Литинституте имени А. М. Горького и ЛГУ; установлены мемориальные доски на домах, где проживал писатель в Москве и Ленинграде.