Родился в крестьянской семье в посёлке Миллерово (современная Ростовская область). Украинец.
Образование неполное среднее, до начала Великой Отечественной войны работал в колхозе.
В июле 1941 года был призван в Красную Армию и отправлен на фронт. 16 ноября 1941 года у разъезда Дубосеково Волоколамского района Московской области в составе группы истребителей танков участвовал в отражении многочисленных атак противника, было уничтожено 18 вражеских танков. Данный подвиг вошёл в историю, как 28 героев-панфиловцев. Яков Бондаренко в том бою погиб смертью храбрых. Однако, согласно данным ОБД Мемориал боец 4-й роты 2-го батальона 1075 сп 316 сд Бондаренко Яков Александрович ранен 5.12.1941г. и умер от ран 6.12.1941г., похоронен на Ваганьковском кладбище г.Москва.
21 июля 1942 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Бондаренко Якову Александровичу посмертно было присвоено звание Героя Советского Союза за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистским захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм.