Яков II был сыном короля Шотландии Якова I и Джоанны Бофор. 21 февраля 1437 г. Яков I был убит заговорщиками, и шестилетний принц стал королём Шотландии. Парламент страны возложил опеку над малолетним королём на его мать, королеву Джоанну, а регентом Шотландии назначил Арчибальда Дугласа, 5-го графа Дугласа.
Немедленно после смерти Якова I в стране началась анархия: враждующие группировки шотландских баронов развернули междоусобные войны, стремясь овладеть землями, конфискованным умершим королем, или установить контроль над королевской администрацией. Резко усилились позиции крупных магнатов, прежде всего дома Дугласов и лорда Островов. Однако особенностью периода стало неожиданное возвышение двух мелкопоместных дворянских семей — Ливингстонов и Крихтонов, стремящихся к власти в стране: малолетнего короля захватывала то одна, то другая враждующая сторона.
Беспорядки усилились после смерти графа Дугласа в 1439 г.: пост регента Шотландии остался вакантным, в стране отсутствовали силы, способные прекратить междоусобицы Ливингстонов и Крихтонов. К 1444 г. Ливингстоны, объединившись с новым графом Дугласом, установили контроль над королевской администрацией, устранив всех конкурентов.
В 1448 г. возобновились военные действия с Англией. В ответ на английское вторжение в Лотиан шотландские войска в 1449 г. захватили и разрушили крепость Алник. 31 декабря 1448 г. был возобновлен военный союз с Францией, шотландская гвардия на службе у французского короля Карла VII активно участвовала в изгнании англичан из Нормандии. В 1449 г. был заключен торговый договор с Бургундией, в соответствии с которым шотландские купцы получили право свободной торговли в Нидерландах, принадлежащих в то время бургундскому дому. Шотландско-бургундское сближение было закреплено 3 июля 1449 г. браком молодого короля Якова II и Марии Гелдернской, племянницы Филиппа, герцога Бургундии.
Женитьба Якова II означала его вступление в политику. Первым мероприятием короля стало свержение Ливингстонов: в начале 1450 г. все члены этой семьи были сняты со своих постов в администрации, их владения конфискованы, а Роберт Ливингстон, казначей Шотландии, казнен.
Когда молодой король в 1450 г. взял власть в свои руки, в государственной администрации царил хаос, а казна была практически пуста после десятилетия анархии в стране. По условиям брачного договора король должен был обеспечить королеве Марии Гелдернской годовой доход на огромную сумму в 5 тыс. фунтов стерлингов. Поступлений с королевского домена было явно не достаточно. С бедностью короля разительно контрастировало богатство крупнейшего шотландского магната — Уильяма Дугласа, 8-го графа Дугласа, двор которого по пышности затмевал королевский. В 1451 г., воспользовавшись паломничеством Дугласа в Рим, королевские войска захватили владения графа. Однако возвращение Уильяма Дугласа заставило Якова II отступить — король еще не имел достаточных сил для борьбы с Дугласами.
В начале 1452 г. Яков пригласил графа Дугласа на переговоры в Стерлинг, выдав предварительно письменные гарантии безопасности. Во время ужина 22 февраля 1452 г., взбешенный отказом Дугласа разорвать союз с рядом крупных магнатов страны, король ударом ножа убил графа.
Убийство, совершенное в нарушение гарантий безопасности, вызвало возмущение в стране. В Стерлинг с большим отрядом сторонников прибыл брат Уильяма Дугласа Джеймс, новый граф Дуглас. Обвинив короля в вероломстве, он заявил о разрыве вассальных отношений с королем и сжег Стерлинг. Одновременно начались восстания против королевской власти союзников «Черных Дугласов» — Джона Мак-Дональда, лорда Островов, графов Кроуфорда и Морея. Однако восстание развивалось в рамках традиционного для феодализма отказа в повиновению сюзерену: Дуглас не воспользовался возможностью свержения монарха. Яков II тем временем заручился поддержкой парламента Шотландии и организовал военную экспедицию во владения Дугласов. В результате, к концу 1452 г. король и граф Дуглас договорились о примирении.
В 1455 г., воспользовавшись тем, что английский покровитель Дугласа герцог Йоркский был отстранен от власти Ланкастерами и в Англии началась война Алой и Белой Розы, король Яков II возобновил наступление на дом «Черных Дугласов». Королевские войска вторглись во владения графа Дугласа, вынудив его бежать в Англию. В битве при Аркингольме армия, набранная сторонниками Дугласа, была разбита, граф Морейский убит. Под давлением короля парламент Шотландии в августе 1455 г. утвердил обвинение в измене Дугласа и его сторонников и принял решение о конфискации их владений.
Разгром «Черных Дугласов» стал триумфом королевской власти в Шотландии и династии Стюартов. Во многом эта победа стала возможной благодаря личным качествам самого короля Якова II: выдающегося стратега и полководца, активно использующего самые современные военные средства (например, тяжелую артиллерию), а также тонкого политика, сумевшего уступками и взятками нейтрализовать сторонников Дугласов (в том числе лорда Островов). В Якове II соединились черты личности Роберта Брюса и Людовика XI.
Разгром крупной аристократии позволил королю выстроить новую опору режима: массовая раздача титулов и земель Яковом II способствовала созданию «новой знати» из представителей среднепоместного дворянства, получившего графские титулы, и более тесно связанного с королевской властью (Гордоны, Кэмпбеллы, Синклэры). Яков II также мог рассчитывать на поддержку парламента, созыв которого становится регулярным в конце правления короля. Через парламент были проведены важные мероприятия, способствующие укреплению государственной власти в Шотландии: ликвидация наследственных должностей, упорядочение судебной системы, введение принципа необходимости парламентской санкции на отчуждение значительной части земель королевского домена, включая важнейшие шотландские замки (Эдинбург, Стерлинг, Дамбартон).
Финансовое состояние королевской казны значительно улучшилось после конфискации владений «Черных Дугласов»: общая сумма доходов короля от домениальных и конфискованных земель и таможенных платежей достигала почти 10 тыс. фунтов стерлингов в год. Годы анархии и гражданских войн, приведшие к разорению многих областей страны, однако, не позволили вернуться к практике взимания налогов: страна по-прежнему жила без всеобщего налогообложения. В период правления Якова II расширилась практика предоставления земель на условиях «фью-фарминга», без феодальных обязательств, а лишь под условием уплаты денежного взноса королю, что свидетельствовало о разложении вассально-ленной системы.
В 1451 г. Яков II основал в Глазго второй шотландский университет с целью развития юридического образования в стране.
Внешняя политика Якова II в целом оставалась в рамках традиционной враждебности по отношению к Англии. Король пытался, правда безуспешно, создать единый анти-английский союз Шотландии, Франции, Дании и Кастилии. Уже в 1456 г., воспользовавшись началом войны Алой и Белой розы в Англии, Яков II предпринял поход в Нортумберленд. После поражения Ланкастеров в Нортгемптонской битве в июле 1460 г. король, по материнской линии восходящий к Ланкастерам, вновь вторгся с крупной армией на английскую территорию и осадил Роксбург. Однако случайный осколок взорвавшейся пушки смертельно ранил короля, Яков II скончался на месте. Роксбург пал неделю спустя — одна из последних шотландских крепостей остававшаяся в руках англичан более века, наконец, была возвращена в состав королевства.