С 1937 — актёр Ленинградского театра им. Ленинского комсомола.
С 1940 по 1946 служил в частях Балтийского флота. Участвовал в обороне Ханко, защищал Ленинград.
Окончил режиссёрский факультет Ленинградского института театра, музыки и кинематографии (1952). Работал режиссёром в Кемеровском областном драматическом театре. С 1955 по 1958 главный режиссёр Великолукского областного драматического театра. С 1958 по 1960 главный режиссёр Музыкально-драматического театра им.М.Горького (Челябинск-40). В 1961–66 главный режиссёр Ленинградского малого драматического театра.
В 1966 году был назначен главным режиссёром Ленинградского театра драмы и комедии на Литейном, в этой должности проработал до конца жизни. Поставил более двухсот спектаклей в театрах Ленинграда и других городов страны.
Яков Семёнович занимался педагогической деятельностью, преподавал в ЛГИТМиК, с 1984 г. доцент по кафедре актерского мастерства. Среди его учеников Игорь Коняев.
География его постановок разнообразна: «Горящее сердце» И.Шура в Великолукском театре (1956), «В родном ауле» в Лакском театре (1960), ряд спектаклей в театрах союзных республик.
Автор пьес «Матросы», «Флаг острова», «Любимая». В творчестве Хамармера большое место занимала военно-героическая тема, во многом обусловленная его собственным фронтовым прошлым.