Родился в 1450 в Гасиштейне. Решением короля Йиржи из Подебрад 25 октября 1469 был назначен гетманом города Кадань и занимал эту должность много лет. Кадань была центром лобковицких владений. Был богемским посланником в Люксембурге в 1477 и Риме в 1487 во времена короля Богемии и Венгрии Ладислава II Яггелонского. Король посылал его с матриманиальной миссией к Марии Бургундской.
Путешествовал в Палестину в 1493 вместе с Йетржихом из Гутштейна и поваром Блажеком. Написал об этом путешествии книгу Putovani l. P. 1493 do Jerusalema vykonane (первая публикация в 1505, повторно издана Челаковским в 1834 в «Чешской Пчеле»). Этот простодушный рассказ любознательного путешественника — о природе, людях, обычаях народных, городах и памятниках — дает ясное изображение той эпохи.
Поучение Яна Лобковица сыну своему Ярославу (Zprava a nau?en? synu Jaroslavovi) напечатано в 1796 под названием «Pravdivy cesky mentor».
В 1481 управлял францисканским монастырем в Кадане. Вокруг него группировался кружок авторов, писавших на латинском языке.
Умер 8 августа 1517 и был похоронен в своем монастыре.
Его брат — «чешский Улисс» Богуслав Гасиштейнский из Лобковиц.