Ян Шимунек начал заниматься футболом в небольших спортивных клубах в Швейцарии, где его отец, футболист Милан Шимунек, игравший за за пражскую «Славию», в 1991 году окончил карьеру футболиста. С 1996 по 1999 года Ян защищает клубные цвета «Богемианс», а после «кенгуру» его командой становится пражская «Спарта».