Родился в крестьянской семье. Окончил Санкт-Петербургскую духовную семинарию (1906) и Императорскую Санкт-Петербургскую духовную академию (1908), магистр богословия.
В 1923 году арестован и приговорен к трём годам тюрьмы. В 1925 году освобождён, служил настоятелем храма св. Станислава в Ленинграде. В 1927 вновь арестован и приговорен к пяти годам лишения свободы. Находился в заключении в Соловецком лагере особого назначения. В июне 1929 переведён на остров Анзер. 5 июля 1932 был арестован на Соловках по групповому делу католического духовенства, обвинявшегося в создании антисоветской группировки. Среди других обвинений — тайное совершение религиозных обрядов, организация нелегальной связи с волей для передачи за границу сведений о положении католиков в СССР. При этом следствие посчитало Тройго одним из вожаков, которые «смело и дерзко руководили группой ксендзов». На допросе в 1932 говорил: «Я считаю себя глубоко верующим, убежденным католиком и священником. Ради своих убеждений я готов пожертвовать своей жизнью».
В 1932 был этапирован из Соловецкого лагеря в тюрьму НКВД в Ленинграде. Скончался в тюремной больнице от инсульта. Был похоронен под чужим именем на Преображенском кладбище в Ленинграде, место захоронения не найдено.
В 2003 году официально начался процесс беатификации (причисления к лику блаженных) священника Яна Тройго.