Й.Матхаузер писал преимущественно полотна на религиозную и историческую тематику, а также портреты. Наиболее известными картинами художника являются Trh s otrokyn?mi (1891) и Libu?in soud. Работал также над оформлением католического собора Вознесения Девы Марии в Марианских Лазнях в 1887 году. Его росписи украшают алтарь в соборе Петра и Павла (1895). В самом конце XIX столетия художник создал картины для церквей городов Свята Гора и Пршибрам.
Продажа девушек (1891)
Город Кривоклат
Взятие Кутной Горы
Князь Крок с дочерьми (Кази, Тета, Либуше)
Коронация Вратислава
Король Ян в битве у Кречака
Крещение св.Мефодием князя Боривоя и его супруги Людмилы
Ян Жижка с князем Вацлавом Корандой в 1420 году смотрят из Виткова на Прагу
Битва под Липанами в 1434 году
Пражане приносят присягу императору Сигизмунду
Ян Гус в темнице
Смерть Яна Непомука