Бени Бегин родился в Иерусалиме (подмандатная Палестина) в семье Ализы и Менахема Бегина, руководителя тогда подпольного движения Иргун . «Бени узнавал меня только по голосу», — скажет позже его отец о периоде до 1948 года.
Учился в средней школе «Кармель» в Тель-Авиве, затем в Еврейском университете Иерусалима по специальности геология.
Армейскую службу (1963—1963; 1975—1976) проходил в авиации, предположительно, в военной разведке, имеет офицерское звание.
Бени Бегин женат, у него 6 детей. В марте 2000 года во время тренировочного полета погиб сын Бени Бегина, Йонатан Бегин.
Впервые Бени Бегин был избран в кнессет в 1988 году от партии «Ликуд». После заключения «Соглашений в Осло» в 1993 году он неоднократно приводил в прессе примеры нарушения Соглашения палестинской стороной, которые пыталось скрыть от общественности правительство Рабина — Переса.
Он также выставил свою кандидатуру на пост премьер-министра, но снял ее за несколько дней до выборов, чтобы не уменьшить количество голосов в пользу Нетаниягу. После того, как «Ихуд Леуми» под его руководством получил на выборах в кнессет 1999 года только 4 мандата, Бени Бегин отказался своего места в кнессете и оставил политику, вернувшись к науке и преподаванию.. В 2005 году он был назначен директором «Государственного института геологии»
2 ноября 2008 года Бени Бегин объявил о своем возвращении в политику и в партию «Ликуд», выставив свою кандидатуру в список «Ликуда» к выборам в кнессет 2009 года.
По результатам праймериз он занял 5-е место в списке партии, и после того, как «Ликуд» получил 27 мест в кнессете 18-го созыва, Бени Бегин вернулся в кнессет. После выборов Бени Бегин был назначен на пост «министра без портфеля» и членом узкого кабинета по вопросам государственной политики и безопасности (митбахона) в правительстве, сформированным Нетаниягу.
Бени Бегин выступает против создания палестинского государства на базе существующей под израильским контролем Палестинской автономии В интервью газете «Хаарец» он так объяснил свою оппозицию созданию этого государства: