Происходил из семьи браминов, принявшей христианство в первые времена владычества португальцев. Изучал медицину в Англии и поселился в качестве врача в Бомбее. Написал «Очерк истории зуба Будды» (англ. «Memoir on the history of the Tooth Relic of Buddha»; Бомбей, 1875), рассказывающий об одной из главных буддийских святынь, «Заметки об истории и древностях Шауля и Бассейна» (англ. «Notes on the history and antiquities of Chaul and Bassein», там же, 1876), сообщающие ряд интересных сведений из истории двух старинных португальских поселений в Индии, а также «Sahy?drik?nda of the Skandapur?na» (там же, 1877). Для международного конгресса ориенталистов во Флоренции в 1878 Кунья составил обзор индийской культурной истории.