Изучал медицину и химию в университетах Берлина и Фрайбурга. Работал в университетах:
С 1901 Виндаус занимался исследованием стеринов. Открыл их строение и образование витамина D из эргостерина под действием ультрафиолетового облучения. Виндаус получил путём синтеза гистамин, обнаружил в составе витамина B1 серу, изучал противорахитические средства, а также химическое строение колхицина, сердечных гликозидов, имидазола и других природных биологически активных веществ.
Нобелевская премия по химии (1928) за изучение свойств и строения витамина D.