Родился 21 марта (8 марта по старому стилю) 1905 года в Нижнем Новгороде.
Трудовую деятельность начал в 1921 году железнодорожным рабочим.
В 1927—1928 годах служил в Красной Армии.
Окончил Московский авиационный институт (1935) и академию Министерства авиационной промышленности (1950).
В 1935—1937 — ведущий инженер ЦАГИ (Москва).
В 1937—1940 — парторг ЦК ВКП(б) на заводеде № 126 в Комсомольске-на-Амуре.
В 1940—1952 годах Агарков находился на советской и хозяйствнной работе в Москве.
В 1952—1958 и 1966—1981 годах работал директором Верхне-Салдинского металлообрабатывающего завода, заместителем председателя Свердловского СНХ (1958—1963), заместителем генерального директора ВСМПО (1981—1985). Под руководством Г. Д. Агаркова на ВСМПО разрабатывалась и внедрялась технология производства слитков и полуфабрикатов из титановых сплавов. Были созданы цехи, оснащенные уникальным оборудованием.
При его непосредственном участии, впервые в Советском Союзе, проделаны работы по освоению и внедрению в серийное производство изделий из титана и его сплавов, по созданию титановой промышленности в стране.
Умер 12 января 1992 года в г. Верхняя Салда.