Алайес начал карьеру в команде родного города — «Эстудиантес». В 2000—2005 годах он выступал за «Кильмес» из одноимённого пригорода Буэнос-Айреса. В 2005 году он вернулся в родную команду и выступал в ней до начала 2010 года.
В «Золотом матче» за чемпионский титул в Апертуре 2006 года Алайес сыграл очень важную роль в противоборстве с нападающими Боки Хуниорс. Матч 13 декабря 2006 года завершился победой «Эстудиантеса» и клуб впервые за 23 года стал чемпионом Аргентины.
Алайес знаменит тем, что забивает очень важные с турнирной точки зрения голы. Авторитетное издание Ol? сравнивает его игру с легендой аргентинского футбола и «Эстудиантеса» прошлых лет Хосе Луисом Брауном.
В ходе розыгрыша Кубка Либертадорес 2009 Алайес получил серьёзную травму, не позволившую ему участвовать в решающих матчах. Однако он внёс большой вклад в успех команды на более ранних стадиях и в итоге стал победителем этого турнира, который клуб из Ла-Платы выиграл в 4-й раз в своей истории и впервые за последние 39 лет.
В начале 2010 года перешёл в «Ньюэллс Олд Бойз».