Алан Макманус стал профессионалом в 1990 году, после успехов на национальных любительских соревнованиях. В дебютном сезоне он достиг 1/2 финала на чемпионата Великобритании и победил на турнире Benson & Hedges Championship, и стал 41-м в рейтинге снукеристов. В следующем сезоне шотландец стал финалистом рейтингового турнира Asian Open и тогда же достиг полуфинала чемпионата мира. Эти достижения позволили ему после двух сезонов в мэйн-туре попасть в Топ-16 и занять 13-ое место.
Одним из самых памятных матчей с участием Алана считается финал турнира Мастерс 1994 года. Тогда он играл со Стивеном Хендри, 5-кратным чемпионом турнира, и выиграл у него в решающей партии. А затем, после ещё нескольких финалов, он сложил и свой высший брейк в 143 очка на чемпионате мира. Уже в то время его снукер был стабильно высоким, и поэтому Макманус сместился на 6-е место.
В следующем сезоне Алан одержал победу в рейтинговом турнире — Dubai Classic, и остался на 6-м месте мирового рейтинга. Он сохранил эту позицию и на следующий год, добавив в актив вторую победу в открытом чемпионате Таиланда и 3 полуфинала (2 рейтинговых и Мастерс).
Вместе со Стивеном Хендри и Джоном Хиггинсом Алан принес победу команде Шотландии на турнире World Cup 1996 года, а через 5 лет после этого — на другом командном соревновании Nations Cup. Также Макманус снова стал полуфиналистом первенства мира в 1997 году.
К сожалению, стабильно высокий класс игры Алана не принес ему много трофеев — всего 6 (два из них в командных турнирах) — и это при более чем 20 финалах. Он пробыл в топ-16 с 1992 по 2006 год, но после неудачного сезона 2005/06 покинул пределы элитного дивизиона сильнейших. Последний крупный успех шотландца пришёлся на Гран-при 2006 года, когда он дошёл до полуфинала. Теперь Макманус занимает 46-ю позицию.
Кроме карьеры снукериста, в 2007 году Алан также был комментатором чемпионата мира на канале BBC.