Родился 15 (28) августа 1906 года в Санкт-Петербурге. Отец, Захар Львович Манфред, работал адвокатом в Петербурге, во время гражданской войны был учителем в Саратовской губернии, затем вернулся к юридической практике в Псковской губернии. Мать, Роза Самуиловна Розенберг, — переводчица, сестра художника Леона Бакста, умерла в 1918 году. В семье было четверо детей (три дочери и сын).
С детских лет французский язык Манфреда был почти родным. Учился в гимназии Нечаева и Тенишевском училище в Петербурге, увлекался поэмами Гомера, активно занимался самообразованием, много читал по истории и географии.
В годы гражданской войны жил в Саратовской губернии с отцом. После переезда последнего в Псковскую губернию остался в Саратове вместе с тремя своими сёстрами, с 16 лет был рабочим в кооперативе, распространителем печати в городе Балашове. Семья чрезвычайно бедствовала, так что ему приходилось браться за любую работу, в том числе расклеивать афиши и газеты. Одновременно учился в вечерней школе, занимался литературной деятельностью — писал стихи (в том числе поэму «Северный мятеж») и прозу (в частности, повесть «Распавшаяся глыба»). Некоторые его стихи были опубликованы в печати.
В 1926 году переехал в Ленинград, жил у знакомых отца и готовился к поступлению в аспирантуру РАНИОН (Российской ассоциации научно-исследовательских институтов по общественным наукам). Тогда для этого не было обязательным формальное высшее образование; достаточными были сдача экзаменов и написание вступительной работы, для которой он избрал тему «Бланки в революции 1848 года». Работа получила высокую оценку профессора В. П. Волгина, в семинаре у которого Манфред затем учился. В 1930 году окончил аспирантуру Института истории РАНИОН. Ученик известных марксистских историков академиков В. П. Волгина и Н. М. Лукина.
В 1930—1932 годах преподавал в Ярославском педагогическом институте, в 1932—1937 годах — в Ивановском педагогическом институте.
В 1937 году был направлен на работу в Якутск, но по дороге арестован (в Иркутской области) и возвращён в Иваново. В 1937—1940 годах находился в заключении, однако затем уголовное дело было закрыто за отсутствием всяких оснований. Когда Манфред вышел на свободу, он весил всего 40 килограмм.
В 1940—1949 годах преподавал в Московском областном педагогическом институте, на историческом факультете МГУ, в 1945—1961 годах — в Московском государственном педагогическом институте иностранных языков и в МГИМО.
С 1945 года старший научный сотрудник Института истории АН СССР. В 1966—1968 годах заведующий сектором новой истории западноевропейских стран Института истории АН СССР, с 1968 года заведующий сектором истории Франции Института всеобщей истории АН СССР.
Доктор исторических наук (1950; тема диссертации: «Внешняя политика Франции от Франкфуртского мира до союза с Россией (1871—1891 гг.)»), профессор. Почётный доктор Клермон-Ферранского университета (Франция, 1967).
С 1959 года член редколлегии, с 1962 года главный редактор «Французского ежегодника». С 1965 года член редколлегии сборника «Советско-французские отношения. Документы и материалы».
С 1966 года вице-президент, с 1972 года президент Общества «СССР-Франция». С 1969 года член Национального комитета по изучению эпохи Наполеона (в Италии). С 1970 года вице-президент международной комиссии по истории Великой французской революции. Член бюро Национального комитета советских историков. Среди аспирантов А.З. Манфреда - А.С. Намазова, заведующая отделом новой истории Института всеобщей истории РАН.
Умер 16 декабря 1976 года. Похоронен в Москве на Троекуровском кладбище.
Во время обучения в аспирантуре занимался историей социалистических идей: вопросом о влиянии Н. Г. Чернышевского на формирование мировоззрения французского социалиста Ж. Геда, историей швейцарского циммервальдского движения. В дальнейшем (40-60-е годы) продолжил заниматься темой социалистического движения, изучал деятельность Жана Жореса (немало сделал для преодоления негативного отношения в советской историографии к этому деятелю) и историю Парижской коммуны.
Автор книг о внешней политике Франции и её отношениях с Россией. Считал, что глубинные национальные интересы России и Франции всегда требовали их сотрудничества во внешней политике, экономике, торговле, культуре, что географическое положение этих государств (на противоположных полюсах Европы) делало их естественными союзниками в борьбе против германского милитаризма. Полагал, что двусторонние отношения имеют историческую преемственность, несмотря на изменение общественно-политического строя в России в результате Октябрьской революции 1917. Высоко оценивал роль культурного фактора в отношениях между двумя странами.
Специалист по истории Великой французской революции. Считал, что революция отвечала национальным интересам Франции, сделала гигантский шаг вперёд в раскрепощении человека, защите его прав и свобод, возводил к 1789 истоки современной демократии, был солидарен с точкой зрения М. Робеспьера о том, что революционное насилие — «справедливое и необходимое средство борьбы народа». Считал Французскую революцию истинно народной, обобщил огромный фактический материал о её воздействии на различные государства Европы (в том числе Россию), Центральную и Южную Америку. Относясь с уважением к якобинским лидерам революции, осуждал политику террора на том этапе, когда она превратилась в «инструмент расправы с неугодными лицами, грабежа, личного обогащения и бесчестных злоупотреблений». В то же время считал, что сам террор в принципе был лишь «необходимостью, средством самозащиты республики против контрреволюционного террора внутренних и внешних врагов революции».
Горячо сочувствовал М. Робеспьеру («человеку действия, человеку железной воли и неукротимой энергии») и Ж. П. Марату («великому патриоту»). Автор единственной в советской историографии биографической работы о Мирабо — деятеле умеренного крыла революционеров (в книге «Три портрета эпохи Великой французской революции»).
В 1971 году опубликовал фундаментальную биографию Наполеона Бонапарта (второй такой опыт в советской историографии — после книги Е. В. Тарле). Использовал как опубликованные первоисточники, мемуаристику и прессу, так и ранее неизвестные историкам или неопубликованные документы из архивов Франции и России. Значительное внимание уделил молодости Наполеона, формированию его взглядов, тому этапу его биографии, когда будущий император был якобинцем, сторонником Робеспьера. Считал Наполеона сыном своего времени, взлёт и падение которого были вполне закономерны, так как «наполеоновские войны, полностью утратив свойственные им ранее, несмотря на их завоевательный характер, элементы прогрессивного, превратились в чисто захватнические, империалистические войны, нёсшие народам Европы порабощение и гнёт».
Книга о Наполеоне неоднократно переиздавалась (в советское время являлась своего рода бестселлером) и отличается как историческими, так и литературными достоинствами.
Автор ряда глав и редактор учебников для вузов и коллективных научных трудов «Новая история» (1958), «Всемирная история» (1959), «История Парижской коммуны 1871 г.» (1971), «История Франции» (1973). Подготовил к печати избранные произведения Ж. П. Марата (совместно с В. П. Волгиным) и М. Робеспьера.