Алексей был сыном севастократора Мануила Комнина и приходился внуком византийскому императору Андронику I. После гибели своих деда и отца в результате переворота в 1185 году в Константинополе, малолетних Алексея и его брата Давида тайно вывезли в Грузию к их тетке, царице Тамаре.
После захвата Константинополя крестоносцами в 1204 году у изгнанников появилась возможность попытаться вернуть себе императорскую власть. При военной поддержке Грузии, Алексей и Давид утвердили свою власть в нескольких городах на южном побережье Чёрного моря, и вскоре после этого Алексей был провозглашен императором.
Однако после нескольких поражений трапезундцев от войск Никейского императора Феодора Ласкариса и сельджуков, Алексею пришлось отказаться от претензий на общевизантийский престол и признать вассальную зависимость от Конийского султаната.
В большой степени благодаря этому, а также политическому союзу с Грузией, достаточно слабая в военном отношении Трапезундская империя была в состоянии в течение двух с половиной веков сохранять собственную государственность.