Достоверных сведений о жизни Аммония не сохранилось. Подтверждается только факт, что Аммоний был учителем основателя неоплатонизма Плотина, в 232—242/243. Помимо Плотина, учениками Аммония Саккаса были Ориген Язычник и Геренний (впоследствии тяготевшие к собственно платонизму); Кассий Лонгин; возможно, Ориген Христианин и Евтокий Аскалонский.
По сообщению Феодорита, происходил из бедной христианской семьи, работал грузчиком в порту Александрии, откуда получил свое прозвище «Саккас» (от слова ??????, мешок). По другим сведениям, получил прозвище от ?????????? (одетый во вретище). Упоминается также под прозвищем Теодидактос (???????????, наученный богом).
Познакомившись с греческой философией, отказался от христианства. С этим фактом не соглашаются христианские авторы Иероним и Евсевий, которые утверждают, что Аммоний оставался христианином на протяжении всей жизни. Однако влияние, которое оказал Саккас на Плотина, не позволяет утверждать, что он оставался христианином.
По сообщениям Гиерокла и Немезия (V век), Саккас утверждал, что учения Платона и Аристотеля по существу согласуются и находил такое согласование. Таким образом Аммоний сообщил неоплатонизму синтез идей платонизма о нематериальной душе и аристотелизма о чистом космическом уме-перводвигателе и его самосозерцании.
Создав философскую систему, целью которой было синтезировать известные религии, утвердив единый универсальный принцип и общую систему этики, Аммоний Саккас и его ученики были первыми, кто стал употреблять термин «теософия».